パッケージ: abyss (2.3.10-1 など)

[ ソース: abyss  ]

de novo, parallel, sequence assembler for short reads

ABySS is a de novo, parallel, sequence assembler that is designed for short reads. It may be used to assemble genome or transcriptome sequence data. Parallelization is achieved using MPI, OpenMP and pthread.

タグ: 分野: 生物学, 実装言語: C, ユーザインタフェース: コマンドライン, 役割: プログラム

その他の abyss 関連パッケージ

• dep: bsdextrautils [hppa, sparc64 以外]

  extra utilities from 4.4BSD-Lite

• dep: bsdmainutils [hppa, sparc64]

  FreeBSD 由来のユーティリティの移行用パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.32) [m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, s390x, x32]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [sparc64]

  パッケージは利用できません

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  パッケージは利用できません

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libopenmpi3 [sparc64]

  high performance message passing library -- shared library

  dep: libopenmpi3 (>= 4.1.2~rc1) [m68k, sh4]

  dep: libopenmpi3 (>= 4.1.4) [ia64, x32]

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64]

  high performance message passing library -- shared library

  dep: libopenmpi40 (>= 5.0.7) [alpha, s390x]

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  SQLite 3 共有ライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 11) [m68k, sh4]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 12) [ia64, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: make

  コンパイルを制御するユーティリティ

• dep: openmpi-bin [hppa 以外]

  high performance message passing library -- binaries

• dep: openmpi-common [hppa 以外]

  high performance message passing library -- common files

• dep: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• sug: openmpi-bin

  high performance message passing library -- binaries

abyss のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	2.3.10-1	3,128.0 kB	11,951.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	2.3.10-1+b1	3,246.5 kB	10,021.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2.3.10-1+b1	3,000.6 kB	10,681.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	2.1.0-1	2,719.4 kB	9,671.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	2.3.5+dfsg-2	3,493.2 kB	17,029.0 kB	[ファイル一覧]
loong64 (非公式の移植版)	2.3.10-1+b2	3,063.8 kB	9,673.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	2.3.3-2	3,040.2 kB	9,799.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2.3.10-1+b1	3,135.6 kB	12,561.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	2.3.10-1+b1	3,152.9 kB	13,053.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2.3.10-1+b1	3,163.1 kB	12,409.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	2.3.10-1+b1	3,185.2 kB	8,245.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	2.3.10-1	3,156.1 kB	10,176.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	2.3.3-2	3,276.4 kB	9,167.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	2.2.2-1	2,718.5 kB	9,131.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	2.3.5+dfsg-2	3,104.9 kB	8,946.0 kB	[ファイル一覧]