Balík: bali-phy (3.6.1+dfsg-3)

[ Zdroj: bali-phy  ]

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom bali-phy

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0)

  reprezentácia doby trvania, časového bodu a hodín v C++

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

  operácie so súborovým systémom (portabilné cesty, prechádzanie adresárov atď.) v C++

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  knižnica volieb programu pre C++

• dep: libboost-random1.83.0 (>= 1.83.0)

  knižnica Boost náhodných čísel

• dep: libc6 (>= 2.38)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  2D vektorová grafická knižnica Cairo

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ppc64el, s390x]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: perl

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: gnuplot

  program na interaktívne kreslenie riadený z príkazového riadka
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  GNU R statistical computation and graphics system

• sug: figtree

  graphical phylogenetic tree viewer

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

Stiahnuť bali-phy

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	6,676.8 kB	39,067.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	6,024.2 kB	36,555.0 kB	[zoznam súborov]
armel	5,076.0 kB	32,497.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	4,629.1 kB	23,653.0 kB	[zoznam súborov]
i386	6,350.6 kB	37,805.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	5,923.0 kB	44,997.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	6,422.8 kB	42,177.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	6,670.8 kB	31,791.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	5,229.2 kB	36,851.0 kB	[zoznam súborov]