Пакунок: bali-phy (4.0-1)

[ Source: bali-phy  ]

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

Інші пакунки пов'язані з bali-phy

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0)

  C++ representation of time duration, time point, and clocks

• dep: libboost-json1.83.0 (>= 1.83.0)

  C++ containers and algorithms that implement JSON

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  Бібліотека параметрів програми на Сі++

• dep: libboost-random1.83.0 (>= 1.83.0)

  Boost Random Number Library

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  Cairo 2D — бібліотека векторної графіки

• dep: libfmt10 (>= 10.1.1+ds1)

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: perl

  Мова Практичного Видобування та Побудування Звітів Лари Уолла (Larry Wall)

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: gnuplot

  Command-line driven interactive plotting program.
  also a virtual package provided by gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  GNU R — система для статистичних обчислень та представлення даних в графічному вигляді

• sug: figtree

  graphical phylogenetic tree viewer

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

Завантажити bali-phy

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	9,822.0 kB	52,710.0 kB	[список файлів]
arm64	8,730.3 kB	47,950.0 kB	[список файлів]
i386	9,253.0 kB	51,011.0 kB	[список файлів]
mips64el	8,919.8 kB	58,594.0 kB	[список файлів]
ppc64el	9,592.2 kB	56,065.0 kB	[список файлів]
riscv64	10,112.1 kB	41,347.0 kB	[список файлів]
s390x	7,548.7 kB	48,143.0 kB	[список файлів]