Пакет: bali-phy (3.6.1+dfsg-3)

[ Источник: bali-phy  ]

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

Другие пакеты, относящиеся к bali-phy

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0)

  C++ representation of time duration, time point, and clocks

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

  filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  program options library for C++

• dep: libboost-random1.83.0 (>= 1.83.0)

  Boost Random Number Library

• dep: libc6 (>= 2.38)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  библиотека для двухмерной векторной графики Cairo

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ppc64el, s390x]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• rec: gnuplot

  утилита для построения графиков с интерфейсом командной строки
  также виртуальный пакет, предоставляемый gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  система статистических расчетов и построения графиков GNU R

• sug: figtree

  graphical phylogenetic tree viewer

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

Загрузка bali-phy

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	6 676,8 Кб	39 067,0 Кб	[список файлов]
arm64	6 024,2 Кб	36 555,0 Кб	[список файлов]
armel	5 076,0 Кб	32 497,0 Кб	[список файлов]
armhf	4 629,1 Кб	23 653,0 Кб	[список файлов]
i386	6 350,6 Кб	37 805,0 Кб	[список файлов]
mips64el	5 923,0 Кб	44 997,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	6 422,8 Кб	42 177,0 Кб	[список файлов]
riscv64	6 670,8 Кб	31 791,0 Кб	[список файлов]
s390x	5 229,2 Кб	36 851,0 Кб	[список файлов]