Package: murasaki (1.68.6-14 and others)

[ Source: murasaki  ]

strumento per rilevazione di omologie tra più genomi vasti

Murasaki è uno strumento per la rilevazione di omologie in più genomi vasti veloce e basato sulla teoria del linguaggio. Permette allineamenti globali multipli di genomi su scala di intero genoma. Gestisce modelli di lunghezza illimitata con gap e seed e filtraggio unico basato su TF-IDF.

Murasaki è un software per allineamento ad ancore, che è

 * estremamente veloce (17 ore di CPU per l'intero genoma uomo x topo (con
   40 nodi: 52 minuti di orologio))
 * scalabile (parallelizzabile a piacimento tra più nodi usando MPI. Anche
   un singolo nodo con 16 GB di RAM può gestire più di 1 Gpb di sequenza.)
 * con lunghezza illimitata dei modelli
 * tollerante alle ripetizioni
 * con riduzione intelligente del rumore

Other Packages Related to murasaki

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

  operazioni su filesystem (percorsi portabili, iterazione su directory, ecc.) in C++

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  libreria Boost.Iostreams

• dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, loong64, sh4]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [not ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: murasaki-common

  strumento per rilevazione di omologie tra più genomi vasti (file comuni)

Download murasaki

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.68.6-14+b1	597.4 kB	4,978.0 kB	[list of files]
amd64	1.68.6-14+b1	629.6 kB	4,400.0 kB	[list of files]
arm64	1.68.6-14+b1	543.3 kB	4,319.0 kB	[list of files]
armel	1.68.6-14	452.9 kB	3,326.0 kB	[list of files]
armhf	1.68.6-14	462.8 kB	2,350.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.68.6-14	586.1 kB	3,991.0 kB	[list of files]
i386	1.68.6-14	638.5 kB	4,166.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.68.6-13+b5	658.9 kB	8,435.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	1.68.6-14+b1	575.0 kB	4,398.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.68.6-14	483.4 kB	3,566.0 kB	[list of files]
mips64el	1.68.6-14+b1	596.1 kB	5,866.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.68.6-14+b1	603.4 kB	5,792.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.68.6-14+b1	606.8 kB	5,600.0 kB	[list of files]
riscv64	1.68.6-14+b1	584.6 kB	3,203.0 kB	[list of files]
s390x	1.68.6-14+b1	606.9 kB	4,827.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.68.6-14	515.2 kB	3,657.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.68.6-14+b1	506.6 kB	13,459.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.68.6-14	602.5 kB	3,978.0 kB	[list of files]