Paketti: murasaki (1.68.6-14 ja muut)

[ Source: murasaki  ]

homology detection tool across multiple large genomes

Murasaki is a scalable and fast, language theory-based homology detection tool across multiple large genomes. It enable whole-genome scale multiple genome global alignments. Supports unlimited length gapped-seed patterns and unique TF-IDF based filtering.

Murasaki is an anchor alignment software, which is

 * exteremely fast (17 CPU hours for whole Human x Mouse genome (with
   40 nodes: 52 wall minutes))
 * scalable (Arbitrarily parallelizable across multiple nodes using MPI.
   Even a single node with 16GB of ram can handle over 1Gbp of sequence.)
 * unlimited pattern length
 * repeat tolerant
 * intelligent noise reduction

Muut pakettiin murasaki liittyvät paketit

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

  filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  Boost.Iostreams -kirjasto

• dep: libc6 (>= 2.38) [ei alpha, ia64, sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [ei ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: murasaki-common

  homology detection tool across multiple large genomes (common files)

Imuroi murasaki

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	1.68.6-14+b1	597.4 kt	4,978.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	1.68.6-14+b1	629.6 kt	4,400.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	1.68.6-14+b1	543.3 kt	4,319.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	1.68.6-14	452.9 kt	3,326.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	1.68.6-14	462.8 kt	2,350.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	1.68.6-14	586.1 kt	3,991.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	1.68.6-14	638.5 kt	4,166.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	1.68.6-13+b5	658.9 kt	8,435.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	1.68.6-14	483.4 kt	3,566.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	1.68.6-14+b1	596.1 kt	5,866.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	1.68.6-14+b1	603.4 kt	5,792.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	1.68.6-14+b1	606.8 kt	5,600.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	1.68.6-14+b1	584.6 kt	3,203.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	1.68.6-14+b1	606.9 kt	4,827.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	1.68.6-14	515.2 kt	3,657.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	1.68.6-14+b1	506.6 kt	13,459.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	1.68.6-14	602.5 kt	3,978.0 kt	[tiedostoluettelo]