Package: macs (3.0.2-1 and others)

[ Source: macs  ]

analisi basata su modelli di ChIP-Seq su sequenziatori di letture corte

MACS modella in modo empirico la lunghezza dei frammenti ChIP sequenziati, che tende ad essere più corta delle stime di dimensione per sonicazione o costruzione di biblioteche genomiche, e la usa per migliorare la risoluzione spaziale dei siti di legame predetti. MACS usa anche una distribuzione di Poisson dinamica per catturare in modo efficace i bias locali nella sequenza del genoma, permettendo una predizione più sensibile e robusta. MACS si comporta bene al confronto degli algoritmi esistenti ChIP-Seq di ricerca di picchi, è disponibile pubblicamente come open source e può essere usato per ChIP-Seq con o senza campioni di controllo.

Other Packages Related to macs

• dep: cython3 [x32]

  estensioni C per Python 3

• dep: cython3-legacy [sparc64]

  estensioni C per Python 3 (vecchia versione 0.29)

• dep: libc6 (>= 2.29) [sparc64, x32]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, sh4, sparc64, x32]

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.30) [ia64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

  dep: python3 (<< 3.12) [x32]

  dep: python3 (<< 3.13) [sparc64]

  dep: python3 (<< 3.14) [not ia64, sparc64, x32]

  dep: python3 (<< 3.9) [ia64]

  dep: python3 (>= 3.11~) [sparc64, x32]

  dep: python3 (>= 3.12~) [not ia64, sparc64, x32]

  dep: python3 (>= 3.8~) [ia64]

• dep: python3-cykhash [not ia64, sparc64, x32]

  wrapper Cython per mappe/insiemi khash, implementazione efficiente di isin e unique

• dep: python3-hmmlearn [not ia64, sparc64, x32]

  apprendimento non supervisionato e inferenza di modelli di Markov nascosti

• dep: python3-numpy [not alpha, hppa, m68k, ppc64, riscv64, sh4]

  Python library for numerical computations (Python 3)

  dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0) [alpha, hppa, m68k, ppc64, riscv64, sh4]

• dep: python3-numpy-abi9 [alpha, hppa, m68k, ppc64, riscv64, sh4]

  virtual package provided by python3-numpy

• dep: python3-numpy2-abi0 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ppc64el, s390x]

  virtual package provided by python3-numpy

  or python3-numpy-abi9

  virtual package provided by python3-numpy

• dep: python3-scipy [not ia64, sparc64, x32]

  strumenti scientifici per Python 3

• dep: python3-sklearn [not ia64, sparc64, x32]

  moduli Python per l'apprendimento automatico e il data mining - Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [alpha, amd64, arm64, i386, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x]

  libreria di compressione - runtime

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

Download macs

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	3.0.2-1+b1	3,633.6 kB	17,043.0 kB	[list of files]
amd64	3.0.2-1+b2	3,991.8 kB	14,826.0 kB	[list of files]
arm64	3.0.2-1+b2	3,514.3 kB	14,530.0 kB	[list of files]
armel	3.0.2-1+b2	3,526.1 kB	14,938.0 kB	[list of files]
armhf	3.0.2-1+b2	3,599.0 kB	11,930.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	3.0.2-1+b1	3,632.5 kB	16,078.0 kB	[list of files]
i386	3.0.2-1+b2	3,874.9 kB	15,910.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	2.2.6-3+b1	2,653.4 kB	11,172.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	3.0.2-1	3,389.2 kB	12,726.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	3.0.2-1+b1	3,652.8 kB	18,757.0 kB	[list of files]
ppc64el	3.0.2-1+b2	3,706.6 kB	18,050.0 kB	[list of files]
riscv64	3.0.2-1+b1	3,978.8 kB	11,515.0 kB	[list of files]
s390x	3.0.2-1+b2	3,758.9 kB	14,902.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	3.0.2-1+b1	4,294.4 kB	13,553.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	2.2.9.1-1+b1	2,977.6 kB	28,654.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	2.2.9.1-1	2,527.6 kB	5,365.0 kB	[list of files]