Package: ampliconnoise (1.29-13 and others)

[ Source: ampliconnoise  ]

rimozione di rumore da ampliconi PCR sequenziati con 454

AmpliconNoise è un pacchetto di applicazioni per ripulire dati di sequenziamento ad alte prestazioni. Consiste di tre parti principali:

 Pyronoise - esegue clustering basato su flowgram per individuare letture
 errate;
 SeqNoise - rimuove mutazioni puntuali PCR;
 Perseus - rimuove chimere PCR senza la necessità di un insieme di sequenze
 di riferimento.

Precedentemente esisteva un "Pyronoise" autonomo degli stessi autori e questo pacchetto include una versione aggiornata. C'è anche un "Denoiser" in Qiime che è collegato, ma distinto.

Tags: Role: Program

Other Packages Related to ampliconnoise

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- pacchetto della libreria

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [not ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- pacchetto della libreria

• dep: libgslcblas0 (>= 2.8) [sparc64]

  libreria scientifica GNU (GSL) -- pacchetto di libreria blas

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6)

  libreria per il passaggio di messaggi dalle alte prestazioni - libreria condivisa

• dep: mafft

  programma per allineamenti multipli per sequenze aminoacidiche o nucleotidiche

• rec: openmpi-bin

  libreria per il passaggio di messaggi dalle alte prestazioni -- binari

Download ampliconnoise

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.29-13	1,076.0 kB	2,525.0 kB	[list of files]
amd64	1.29-13	1,083.5 kB	2,049.0 kB	[list of files]
arm64	1.29-13	1,072.2 kB	2,397.0 kB	[list of files]
armel	1.29-13	1,064.8 kB	1,968.0 kB	[list of files]
armhf	1.29-13	1,059.6 kB	1,832.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.29-13	1,066.0 kB	1,932.0 kB	[list of files]
i386	1.29-13	1,074.4 kB	2,012.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.29-11	1,096.8 kB	2,314.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.29-13	1,053.6 kB	1,912.0 kB	[list of files]
mips64el	1.29-13	1,071.5 kB	2,419.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.29-13	1,085.7 kB	2,589.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.29-13	1,091.4 kB	2,589.0 kB	[list of files]
riscv64	1.29-13	1,078.3 kB	1,905.0 kB	[list of files]
s390x	1.29-13	1,096.4 kB	2,105.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.29-13	1,081.3 kB	2,384.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.29-13	1,064.5 kB	14,888.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.29-13	1,080.3 kB	2,012.0 kB	[list of files]