Package: ampliconnoise (1.29-15 and others)

[ Source: ampliconnoise  ]

rimozione di rumore da ampliconi PCR sequenziati con 454

AmpliconNoise è un pacchetto di applicazioni per ripulire dati di sequenziamento ad alte prestazioni. Consiste di tre parti principali:

 Pyronoise - esegue clustering basato su flowgram per individuare letture
 errate;
 SeqNoise - rimuove mutazioni puntuali PCR;
 Perseus - rimuove chimere PCR senza la necessità di un insieme di sequenze
 di riferimento.

Precedentemente esisteva un "Pyronoise" autonomo degli stessi autori e questo pacchetto include una versione aggiornata. C'è anche un "Denoiser" in Qiime che è collegato, ma distinto.

Tags: Role: Program

Other Packages Related to ampliconnoise

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg)

  GNU Scientific Library (GSL) -- pacchetto della libreria

• dep: libmpich12 [armel, armhf, i386]

  Shared libraries for MPICH

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [not armel, armhf, i386]

  libreria per il passaggio di messaggi dalle alte prestazioni - libreria condivisa

• dep: mafft

  programma per allineamenti multipli per sequenze aminoacidiche o nucleotidiche

• rec: mpi-default-bin

  programmi MPI runtime standard (metapacchetto)

Download ampliconnoise

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.29-15+b1	1,084.5 kB	2,052.0 kB	[list of files]
arm64	1.29-15+b1	1,073.3 kB	2,400.0 kB	[list of files]
armel	1.29-15	1,064.2 kB	1,966.0 kB	[list of files]
armhf	1.29-15	1,059.0 kB	1,834.0 kB	[list of files]
i386	1.29-15	1,081.3 kB	2,046.0 kB	[list of files]
mips64el	1.29-15+b1	1,072.8 kB	2,422.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.29-15+b1	1,092.7 kB	2,592.0 kB	[list of files]
riscv64	1.29-15+b1	1,079.0 kB	1,912.0 kB	[list of files]
s390x	1.29-15+b1	1,097.6 kB	2,108.0 kB	[list of files]