Balík: ampliconnoise (1.29-15 a iné)

[ Zdroj: ampliconnoise  ]

removal of noise from 454 sequenced PCR amplicons

AmpliconNoise is a package of applications to clean up high-throughput sequence data. It consists of three main parts:

Pyronoise - does flowgram-based clustering to spot misreads SeqNoise - removes PCR point mutations Perseus - removes PCR chimeras without the need for a set of reference sequences

Previously there was a standalone "Pyronoise" by the same authors and this package includes an updated version. There is also a "Denoiser" in Qiime which is related but distinct.

Značky: Role: Program

Ostatné balíky súvisiace s balíkom ampliconnoise

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) - balík knižnice

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [nie ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) - balík knižnice

• dep: libmpich12 [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  Shared libraries for MPICH

  dep: libmpich12 (>= 4.2.0) [x32]

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [ia64]

  knižnica na vyskokovýkonné odovzdávanie správ - zdieľaná knižnica

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [nie armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4, x32]

  knižnica na vyskokovýkonné odovzdávanie správ - zdieľaná knižnica

• dep: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• rec: mpi-default-bin [nie ia64]

  štandardné dynamické programy MPI - metabalík

• rec: openmpi-bin [ia64]

  knižnica na vyskokovýkonné odovzdávanie správ - spustiteľné súbory

Stiahnuť ampliconnoise

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	1.29-15+b1	1,076.1 kB	2,528.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	1.29-15+b1	1,084.5 kB	2,052.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	1.29-15+b1	1,073.3 kB	2,400.0 kB	[zoznam súborov]
armel	1.29-15	1,064.2 kB	1,966.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	1.29-15	1,059.0 kB	1,834.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	1.29-15	1,066.4 kB	1,930.0 kB	[zoznam súborov]
i386	1.29-15	1,081.3 kB	2,046.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	1.29-11	1,096.8 kB	2,314.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	1.29-15	1,052.2 kB	1,914.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	1.29-15+b1	1,072.8 kB	2,422.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	1.29-15+b1	1,086.7 kB	2,592.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	1.29-15+b1	1,092.7 kB	2,592.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	1.29-15+b1	1,079.0 kB	1,912.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	1.29-15+b1	1,097.6 kB	2,108.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	1.29-15	1,082.6 kB	2,386.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	1.29-15+b1	1,065.3 kB	14,891.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	1.29-15	1,079.1 kB	2,006.0 kB	[zoznam súborov]