Paket: ampliconnoise (1.29-15 und andere)

[ Quellcode: ampliconnoise  ]

removal of noise from 454 sequenced PCR amplicons

AmpliconNoise is a package of applications to clean up high-throughput sequence data. It consists of three main parts:

Pyronoise - does flowgram-based clustering to spot misreads SeqNoise - removes PCR point mutations Perseus - removes PCR chimeras without the need for a set of reference sequences

Previously there was a standalone "Pyronoise" by the same authors and this package includes an updated version. There is also a "Denoiser" in Qiime which is related but distinct.

Markierungen: Rolle: Programm

Andere Pakete mit Bezug zu ampliconnoise

• dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, ia64, sh4]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

  GNU Scientific Library -- Bibliothekspaket

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [nicht ia64]

  GNU Scientific Library -- Bibliothekspaket

• dep: libmpich12 [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  Shared libraries for MPICH

  dep: libmpich12 (>= 4.2.0) [x32]

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [ia64]

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Laufzeitbibliotheken

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [nicht armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4, x32]

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Laufzeitbibliotheken

• dep: mafft

  Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen

• rec: mpi-default-bin [nicht ia64]

  Standard-MPI-Laufzeitdateien (Metapaket)

• rec: openmpi-bin [ia64]

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Programmdateien

ampliconnoise herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.29-15+b1	1.076,1 kB	2.528,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.29-15+b1	1.084,5 kB	2.052,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.29-15+b1	1.073,3 kB	2.400,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1.29-15	1.064,2 kB	1.966,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1.29-15	1.059,0 kB	1.834,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1.29-15	1.066,4 kB	1.930,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1.29-15	1.081,3 kB	2.046,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.29-11	1.096,8 kB	2.314,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	1.29-15	1.052,2 kB	1.914,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.29-15+b1	1.072,8 kB	2.422,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.29-15+b1	1.086,7 kB	2.592,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.29-15+b1	1.092,7 kB	2.592,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.29-15+b1	1.079,0 kB	1.912,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.29-15+b1	1.097,6 kB	2.108,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.29-15	1.082,6 kB	2.386,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1.29-15+b1	1.065,3 kB	14.891,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1.29-15	1.079,1 kB	2.006,0 kB	[Liste der Dateien]