Pakiet: ampliconnoise (1.29-15 i inne)

[ Pakiet źródłowy: ampliconnoise  ]

Usuwanie szumu z 454 zsekwencjonowanych amplikonów PCR

AmpliconNoise to pakiet programów do czyszczenia danych sekwencyjnych o wysokiej przepustowości. Składa się z trzech głównych części:

Pyronoise - wykonuje klastrowanie oparte na flowgramie w celu wykrycia

            błędnych odczytów.

SeqNoise - usuwa mutacje punktowe PCR. Perseus - usuwa chimery PCR bez konieczności stosowania zestawu

            sekwencji referencyjnych.

Wcześniej istniał niezależny "Pyronoise", napisany przez tych samych autorów, a ten pakiet zawiera zaktualizowaną wersję. W Qiime występuje również "Denoiser", który jest z nim powiązany, ale odrębny.

Znaczniki: Rola: Program

Inne pakiety związane z ampliconnoise

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [nie ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libmpich12 [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  Shared libraries for MPICH

  dep: libmpich12 (>= 4.2.0) [x32]

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [ia64]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [nie armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4, x32]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• rec: mpi-default-bin [nie ia64]

  Standard MPI runtime programs (metapackage)

• rec: openmpi-bin [ia64]

  high performance message passing library -- binaries

Pobieranie ampliconnoise

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.29-15+b1	1 076,1 KiB	2 528,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.29-15+b1	1 084,5 KiB	2 052,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.29-15+b1	1 073,3 KiB	2 400,0 KiB	[lista plików]
armel	1.29-15	1 064,2 KiB	1 966,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.29-15	1 059,0 KiB	1 834,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.29-15	1 066,4 KiB	1 930,0 KiB	[lista plików]
i386	1.29-15	1 081,3 KiB	2 046,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.29-11	1 096,8 KiB	2 314,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.29-15	1 052,2 KiB	1 914,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.29-15+b1	1 072,8 KiB	2 422,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.29-15+b1	1 086,7 KiB	2 592,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.29-15+b1	1 092,7 KiB	2 592,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.29-15+b1	1 079,0 KiB	1 912,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.29-15+b1	1 097,6 KiB	2 108,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.29-15	1 082,6 KiB	2 386,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.29-15+b1	1 065,3 KiB	14 891,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.29-15	1 079,1 KiB	2 006,0 KiB	[lista plików]