Paket: ampliconnoise (1.29-15 och andra)

[ Källkod: ampliconnoise  ]

removal of noise from 454 sequenced PCR amplicons

AmpliconNoise is a package of applications to clean up high-throughput sequence data. It consists of three main parts:

Pyronoise - does flowgram-based clustering to spot misreads SeqNoise - removes PCR point mutations Perseus - removes PCR chimeras without the need for a set of reference sequences

Previously there was a standalone "Pyronoise" by the same authors and this package includes an updated version. There is also a "Denoiser" in Qiime which is related but distinct.

Märken: Role: Program

Andra paket besläktade med ampliconnoise

• dep: libc6 (>= 2.34) [ej alpha, ia64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [ej ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libmpich12 [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  Shared libraries for MPICH

  dep: libmpich12 (>= 4.2.0) [x32]

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [ia64]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [ej armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4, x32]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• rec: mpi-default-bin [ej ia64]

  Standard MPI runtime programs (metapackage)

• rec: openmpi-bin [ia64]

  high performance message passing library -- binaries

Hämta ampliconnoise

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	1.29-15+b1	1.076,1 kbyte	2.528,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	1.29-15+b1	1.084,5 kbyte	2.052,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	1.29-15+b1	1.073,3 kbyte	2.400,0 kbyte	[filförteckning]
armel	1.29-15	1.064,2 kbyte	1.966,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	1.29-15	1.059,0 kbyte	1.834,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	1.29-15	1.066,4 kbyte	1.930,0 kbyte	[filförteckning]
i386	1.29-15	1.081,3 kbyte	2.046,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	1.29-11	1.096,8 kbyte	2.314,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	1.29-15	1.052,2 kbyte	1.914,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	1.29-15+b1	1.072,8 kbyte	2.422,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	1.29-15+b1	1.086,7 kbyte	2.592,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	1.29-15+b1	1.092,7 kbyte	2.592,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	1.29-15+b1	1.079,0 kbyte	1.912,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	1.29-15+b1	1.097,6 kbyte	2.108,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	1.29-15	1.082,6 kbyte	2.386,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	1.29-15+b1	1.065,3 kbyte	14.891,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	1.29-15	1.079,1 kbyte	2.006,0 kbyte	[filförteckning]