Paket: ampliconnoise (1.29-13 och andra)

[ Källkod: ampliconnoise  ]

removal of noise from 454 sequenced PCR amplicons

AmpliconNoise is a package of applications to clean up high-throughput sequence data. It consists of three main parts:

Pyronoise - does flowgram-based clustering to spot misreads SeqNoise - removes PCR point mutations Perseus - removes PCR chimeras without the need for a set of reference sequences

Previously there was a standalone "Pyronoise" by the same authors and this package includes an updated version. There is also a "Denoiser" in Qiime which is related but distinct.

Märken: Role: Program

Andra paket besläktade med ampliconnoise

• dep: libc6 (>= 2.34) [ej alpha, ia64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [ej ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgslcblas0 (>= 2.8) [sparc64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6)

  high performance message passing library -- shared library

• dep: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• rec: openmpi-bin

  high performance message passing library -- binaries

Hämta ampliconnoise

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	1.29-13	1.076,0 kbyte	2.525,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	1.29-13	1.083,5 kbyte	2.049,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	1.29-13	1.072,2 kbyte	2.397,0 kbyte	[filförteckning]
armel	1.29-13	1.064,8 kbyte	1.968,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	1.29-13	1.059,6 kbyte	1.832,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	1.29-13	1.066,0 kbyte	1.932,0 kbyte	[filförteckning]
i386	1.29-13	1.074,4 kbyte	2.012,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	1.29-11	1.096,8 kbyte	2.314,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	1.29-13	1.053,6 kbyte	1.912,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	1.29-13	1.071,5 kbyte	2.419,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	1.29-13	1.085,7 kbyte	2.589,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	1.29-13	1.091,4 kbyte	2.589,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	1.29-13	1.078,3 kbyte	1.905,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	1.29-13	1.096,4 kbyte	2.105,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	1.29-13	1.081,3 kbyte	2.384,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	1.29-13	1.064,5 kbyte	14.888,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	1.29-13	1.080,3 kbyte	2.012,0 kbyte	[filförteckning]