Пакет: ampliconnoise (1.29-15 и другие)

[ Источник: ampliconnoise  ]

removal of noise from 454 sequenced PCR amplicons

AmpliconNoise is a package of applications to clean up high-throughput sequence data. It consists of three main parts:

Pyronoise - does flowgram-based clustering to spot misreads SeqNoise - removes PCR point mutations Perseus - removes PCR chimeras without the need for a set of reference sequences

Previously there was a standalone "Pyronoise" by the same authors and this package includes an updated version. There is also a "Denoiser" in Qiime which is related but distinct.

Теги: Роль: Программа

Другие пакеты, относящиеся к ampliconnoise

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [не ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libmpich12 [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  Shared libraries for MPICH

  dep: libmpich12 (>= 4.2.0) [x32]

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [ia64]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [не armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4, x32]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• rec: mpi-default-bin [не ia64]

  Standard MPI runtime programs (metapackage)

• rec: openmpi-bin [ia64]

  high performance message passing library -- binaries

Загрузка ampliconnoise

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	1.29-15+b1	1 076,1 Кб	2 528,0 Кб	[список файлов]
amd64	1.29-15+b1	1 084,5 Кб	2 052,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.29-15+b1	1 073,3 Кб	2 400,0 Кб	[список файлов]
armel	1.29-15	1 064,2 Кб	1 966,0 Кб	[список файлов]
armhf	1.29-15	1 059,0 Кб	1 834,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	1.29-15	1 066,4 Кб	1 930,0 Кб	[список файлов]
i386	1.29-15	1 081,3 Кб	2 046,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	1.29-11	1 096,8 Кб	2 314,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	1.29-15	1 052,2 Кб	1 914,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.29-15+b1	1 072,8 Кб	2 422,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	1.29-15+b1	1 086,7 Кб	2 592,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1.29-15+b1	1 092,7 Кб	2 592,0 Кб	[список файлов]
riscv64	1.29-15+b1	1 079,0 Кб	1 912,0 Кб	[список файлов]
s390x	1.29-15+b1	1 097,6 Кб	2 108,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	1.29-15	1 082,6 Кб	2 386,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	1.29-15+b1	1 065,3 Кб	14 891,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	1.29-15	1 079,1 Кб	2 006,0 Кб	[список файлов]