パッケージ: ampliconnoise (1.29-15 など)

[ ソース: ampliconnoise  ]

removal of noise from 454 sequenced PCR amplicons

AmpliconNoise is a package of applications to clean up high-throughput sequence data. It consists of three main parts:

Pyronoise - does flowgram-based clustering to spot misreads SeqNoise - removes PCR point mutations Perseus - removes PCR chimeras without the need for a set of reference sequences

Previously there was a standalone "Pyronoise" by the same authors and this package includes an updated version. There is also a "Denoiser" in Qiime which is related but distinct.

タグ: 役割: プログラム

その他の ampliconnoise 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, sh4 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [ia64 以外]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libmpich12 [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  Shared libraries for MPICH

  dep: libmpich12 (>= 4.2.0) [x32]

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [ia64]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4, x32 以外]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• rec: mpi-default-bin [ia64 以外]

  Standard MPI runtime programs (metapackage)

• rec: openmpi-bin [ia64]

  high performance message passing library -- binaries

ampliconnoise のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	1.29-15+b1	1,076.1 kB	2,528.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	1.29-15+b1	1,084.5 kB	2,052.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.29-15+b1	1,073.3 kB	2,400.0 kB	[ファイル一覧]
armel	1.29-15	1,064.2 kB	1,966.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	1.29-15	1,059.0 kB	1,834.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	1.29-15	1,066.4 kB	1,930.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1.29-15	1,081.3 kB	2,046.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	1.29-11	1,096.8 kB	2,314.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	1.29-15	1,052.2 kB	1,914.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1.29-15+b1	1,072.8 kB	2,422.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	1.29-15+b1	1,086.7 kB	2,592.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.29-15+b1	1,092.7 kB	2,592.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	1.29-15+b1	1,079.0 kB	1,912.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1.29-15+b1	1,097.6 kB	2,108.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	1.29-15	1,082.6 kB	2,386.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	1.29-15+b1	1,065.3 kB	14,891.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	1.29-15	1,079.1 kB	2,006.0 kB	[ファイル一覧]