Package: ampliconnoise (1.29-10 and others)

[ Source: ampliconnoise  ]

rimozione di rumore da ampliconi PCR sequenziati con 454

AmpliconNoise è un pacchetto di applicazioni per ripulire dati di sequenziamento ad alte prestazioni. Consiste di tre parti principali:

 Pyronoise - esegue clustering basato su flowgram per individuare letture
 errate;
 SeqNoise - rimuove mutazioni puntuali PCR;
 Perseus - rimuove chimere PCR senza la necessità di un insieme di sequenze
 di riferimento.

Precedentemente esisteva un "Pyronoise" autonomo degli stessi autori e questo pacchetto include una versione aggiornata. C'è anche un "Denoiser" in Qiime che è collegato, ma distinto.

Tags: Role: Program

Other Packages Related to ampliconnoise

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1)

  GNU Scientific Library (GSL) -- pacchetto della libreria

• dep: libopenmpi3 (>= 4.1.4)

  libreria per il passaggio di messaggi dalle alte prestazioni - libreria condivisa

• dep: mafft

  programma per allineamenti multipli per sequenze aminoacidiche o nucleotidiche

• rec: openmpi-bin

  libreria per il passaggio di messaggi dalle alte prestazioni -- binari

Download ampliconnoise

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.29-10+b2	1,085.5 kB	2,041.0 kB	[list of files]
arm64	1.29-10+b2	1,074.0 kB	2,401.0 kB	[list of files]
armel	1.29-10+b2	1,068.5 kB	2,388.0 kB	[list of files]
armhf	1.29-10+b2	1,062.3 kB	2,388.0 kB	[list of files]
i386	1.29-10+b2	1,079.4 kB	2,000.0 kB	[list of files]
mips64el	1.29-10+b2	1,075.7 kB	2,423.0 kB	[list of files]
mipsel	1.29-10+b2	1,075.4 kB	2,410.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.29-10+b2	1,097.9 kB	3,105.0 kB	[list of files]
s390x	1.29-10+b2	1,076.4 kB	2,005.0 kB	[list of files]