Paquet : ampliconnoise (1.29-15 et autres)

[ Paquet source : ampliconnoise  ]

suppression du bruit pour les amplicons PCR séquencés 454

AmpliconNoise est un ensemble d'applications pour nettoyer les données de séquences haute fréquence. Il est constitué de trois parties principales :  

 - Pyronnoise : rassemble les mauvais points en se basant sur un
    diagramme de flux ;
 - SeqNoise : enlève les mutations de point PCR ;
 - Perseus : enlève les chimères PCR sans avoir besoin d'un ensemble de
    séquences de références.

Étiquettes: Rôle: Programme

Autres paquets associés à ampliconnoise

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [non ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libmpich12 [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  Shared libraries for MPICH

  dep: libmpich12 (>= 4.2.0) [x32]

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [ia64]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [non armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4, x32]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: mafft

  programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

• rec: mpi-default-bin [non ia64]

  Standard MPI runtime programs (metapackage)

• rec: openmpi-bin [ia64]

  high performance message passing library -- binaries

Télécharger ampliconnoise

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.29-15+b1	1 076,1 ko	2 528,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.29-15+b1	1 084,5 ko	2 052,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.29-15+b1	1 073,3 ko	2 400,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.29-15	1 064,2 ko	1 966,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.29-15	1 059,0 ko	1 834,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.29-15	1 066,4 ko	1 930,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.29-15	1 081,3 ko	2 046,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.29-11	1 096,8 ko	2 314,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.29-15	1 052,2 ko	1 914,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.29-15+b1	1 072,8 ko	2 422,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.29-15+b1	1 086,7 ko	2 592,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.29-15+b1	1 092,7 ko	2 592,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.29-15+b1	1 079,0 ko	1 912,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.29-15+b1	1 097,6 ko	2 108,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.29-15	1 082,6 ko	2 386,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.29-15+b1	1 065,3 ko	14 891,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.29-15	1 079,1 ko	2 006,0 ko	[liste des fichiers]