Package: med-bio (3.8.1)

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pacchetti di bioinformatica per Debian Med

Questo metapacchetto installa i pacchetti Debian per l'uso in biologia molecolare, biologia strutturale e altre scienze biologiche.

Tags: Field: Biology, Role: Metapackage, Application Suite: Debian

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chiude vuoti in allineamenti genomici da letture corte
rec: abpoa

adaptive banded Partial Order Alignment
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assemblatore di sequenze, parallelo, de novo per letture corte
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scarica sequenze di proteine o DNA
rec: adapterremoval

identificazione e taglio di adattatore e unione di letture di sequenze geniche veloci
rec: adun-core

simulatore molecolare
rec: aegean

toolkit per analisi integrata del genoma
rec: aevol

modello digitale di genetica per condurre esperimenti di evoluzione in silico
rec: alien-hunter

Interpolated Variable Order Motif per identificare DNA acquisito orizzontalmente
rec: alter-sequence-alignment

ambiente per trasformazione di allineamenti di sequenze genomiche
rec: altree

programma per effettuare analisi di associazioni e localizzazioni basate su filogenesi
rec: amap-align

allineamenti multipli di proteine con appaiamento di sequenze
rec: ampliconnoise

rimozione di rumore da ampliconi PCR sequenziati con 454
rec: andi

stima efficiente delle distanze evolutive
rec: any2fasta

converte vari formati per sequenze in FASTA
rec: aragorn

rilevamento di tRNA e tmRNA in sequenze nucleotidiche
rec: arden

controllo di specificità per allineamento di letture che usa un riferimento artificiale
rec: ariba

identificazione della resistenza agli antibiotici tramite assemblati
rec: art-nextgen-simulation-tools

strumenti di simulazione per generare letture sintetiche di sequenziamento di prossima generazione
rec: artemis

navigatore di genomi e strumento per annotazioni
rec: artfastqgenerator

produce in output file FASTQ artificiali derivati da un genoma di riferimento
rec: assembly-stats

ottiene statistiche sugli assemblaggi da file FASTA e FASTQ
rec: assemblytics

rileva e analizza varianti strutturali dall'assemblato di un genoma
rec: atac

confronto di genomi assemblaggio-verso-assemblaggio
rec: ataqv

QC e visualizzazione di ATAC-seq
rec: atropos

strumento per taglio di letture NGS che è specifico, sensibile e veloce
rec: augur

componenti della catena di elaborazione di dati per analisi in tempo reale di virus
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predizione di geni in genomi di eucarioti
rec: autodock

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pre-calcola il legame di legandi ai loro recettori
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inferenza baiesiana di allineamenti e filogenie
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rimuove sequenze primer specifiche di geni da allineamenti SAM/BAM
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rec: barrnap

predizione veloce di RNA ribosomiale
rec: bbmap

BBTools genomic aligner and other tools for short sequences
rec: bcalm

compattamento de Bruijn in poca memoria
rec: bcftools

identificazione di varianti genomiche e manipolazione di file VCF/BCF
rec: beads

identificazione di spot in immagini di gel di elettroforesi 2-DE
rec: beagle

identificazione del genotipo, determinazione della fase di genotipo e imputazione di marcatori non genotipizzati
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inferenza filogenetica bayesiana MCMC
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Efficient large cohorts genome-wide Bayesian mixed-model association testing
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allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente in termini di memoria
rec: bowtie2

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rec: boxshade

belle stampe di allineamenti multisequenza
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rec: bppsuite

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rec: brig

BLAST Ring Image Generator
rec: btllib-tools

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rec: bwa

Burrows-Wheeler Aligner
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strumento per indici e ricerche in sequenze genomiche
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rec: cct

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suite di programmi progettati per raggruppare velocemente sequenze
rec: cdbfasta

strumenti Constant DataBase per indicizzazione e recupero per file multi-FASTA
rec: centrifuge

sistema rapido ed efficiente nell'uso della memoria per classificare sequenze di DNA
rec: cgview

visualizzatore di genoma circolare
rec: changeo

toolkit per assegnazione di repertori clonali (Python 3)
rec: chimeraslayer

rileva probabili chimere in DNA amplificato con PCR
rec: chromhmm

scoperta e caratterizzazione dello stato della cromatina
rec: chromimpute

Large-scale systematic epigenome imputation
rec: cif-tools

suite di strumenti per manipolare, validare e interrogare file mmCIF
rec: circlator

circolarizza assemblati genomici
rec: circos

disegnatore per visualizzare i dati
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ricostruzione estremamente efficiente di alberi filogenetici
rec: clonalframe

inferenza della microevoluzione batterica usando dati di sequenze multi-loci
rec: clonalframeml

efficiente inferenza di ricombinazione in genomi interi di batteri
rec: clonalorigin

inferenza di ricombinazione omologa in batteri usando sequenze di genomi interi
rec: clustalo

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rec: clustalw

allineamento globale per sequenze multiple di nucleotidi o peptidi
rec: clustalx

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rec: cnvkit

rilevamento della variabilità del numero di copie da sequenziamento mirato di DNA
rec: codonw

analisi di corrispondenza dell'uso di codoni
rec: comet-ms

motore di ricerca per spettrometria di massa tandem (MS/MS)
rec: concavity

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rec: covtobed

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rec: crac

analisi integrata di letture RNA-Seq
rec: csb

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rec: cutadapt

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rec: cutesv

comprehensive discovery of structural variations of genomic sequences
rec: daligner

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rec: damapper

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rec: datamash

strumento per statistiche con interfaccia a riga di comando
rec: dawg

simula l'evoluzione di sequenze di DNA ricombinante
rec: dazzdb

gestione dei dati di letture di sequenziamento di nucleotidi
rec: delly

Structural variant discovery by read analysis
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Calculates per-residue electron density scores
rec: dextractor

libreria dextractor di comandi di estrazione e compressione
rec: dialign

allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti
rec: dialign-tx

allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti
rec: diamond-aligner

allineatore di sequenze locali accelerato compatibile con BLAST
rec: discosnp

scopre Single Nucleotide Polymorphism da uno o più insiemi di letture grezze
rec: disulfinder

predittore della connettività e stato di legame del ponte disulfuro di cisteine
rec: dnaclust

strumento per raggruppare in cluster milioni di corte sequenze di DNA
rec: dnarrange

metodo per trovare riarrangiamenti in letture lunghe di DNA rispetto ad una sequenza genomica
rec: dotter

confronto dettagliato tra due sequenze genomiche
rec: drop-seq-tools

analisi di dati Drop-seq
rec: dssp

assegnazione della struttura secondaria di una proteina in base alla struttura 3D
rec: dwgsim

simulatore di letture corte di sequenziamento
rec: e-mem

calcolo efficiente di Maximal Exact Match per genomi molto grandi
rec: ea-utils

strumenti a riga di comando per elaborare dati di sequenziamento biologici
rec: ecopcr

stima della qualità dei primer dei codici a barre PCR
rec: edtsurf

mesh triangolari di superfici per strutture di proteine
rec: eigensoft

riduzione del bias della popolazione per analisi genetiche
rec: elph

strumento per trovare motivi in sequenze di DNA/proteine
rec: embassy-domainatrix

comandi EMBOSS extra per gestire file di classificazione di domini
rec: embassy-domalign

comandi EMBOSS extra per allineamento di domini di proteine
rec: embassy-domsearch

comandi EMBOSS extra per cercare domini proteici
rec: emboss

suite software open source europea per la biologia molecolare
rec: emmax

genetic mapping considering population structure
rec: estscan

strumento per rilevare sequenze di DNA codificante indipendente da ORF
rec: examl

Exascale Maximum Likelihood (ExaML) code for phylogenetic inference
rec: exonerate

strumento generico per il confronto di sequenze di coppie
rec: fasta3

tools for searching collections of biological sequences
rec: fastahack

utilità per indicizzare ed estrarre sequenze da file FASTA
rec: fastani

calcolo veloce senza allineamento dell'identità nucleotidica media di interi genomi
rec: fastaq

strumenti per manipolare file FASTA e FASTQ
rec: fastdnaml

strumento di costruzione di alberi filogenetici di sequenze di DNA
rec: fastlink

versione più veloce dei programmi di Linkage per pedigree
rec: fastml

ricostruzione di sequenze di amminoacidi ancestrali con massima verosimiglianza
rec: fastp

preprocessore di FASTQ ultraveloce tutto in uno
rec: fastq-pair

Rewrites paired end fastq so all reads have a mate to separate out singletons
rec: fastqc

controllo di qualità per elevati flussi di dati di sequenze
rec: fastqtl

mappatore Quantitative Trait Loci (QTL) in cis per fenotipi molecolari
rec: fasttree

phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
rec: ffindex

semplice indice/database per grandi quantità di piccoli file
rec: figtree

visualizzatore grafico di alberi filogenetici
rec: filtlong

strumento per filtrare la qualità di letture lunghe di sequenze di genoma
rec: fitgcp

fit di distribuzioni di copertura del genoma con modelli di mistura
rec: flash

Fast Length Adjustment of SHort reads
rec: flexbar

rimozione flessibile di codice a barre e adattatore per piattaforme di sequenziamento
rec: flye

de novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs
rec: fml-asm

strumento per assemblare letture corte Illumina in piccole regioni
rec: freebayes

scoperta e genotipizzazione bayesiana di polimorfismo basati su aplotipi
rec: freecontact

fast protein contact predictor
rec: fsa

allineamento statistico veloce di proteine, sequenze di DNA e RNA
rec: fsm-lite

ricerca di stringhe basata sulla frequenza (lite)
rec: gamgi

GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface)
rec: garli

analisi filogenetica di dati di sequenze molecolari usando la massima verosimiglianza
rec: garlic

programma per visualizzazione di biomolecole
rec: gasic

correzione della similarità dell'abbondanza del genoma
rec: gatb-core

toolbox di analisi genomica con grafi di de Bruijn
rec: gbrowse

browser generico per genoma di GMOD
rec: gdpc

visualizzatore di simulazioni di dinamiche molecolari
rec: gemma

efficiente modello misto di associazione genome-wide
rec: genometester

toolkit per eseguire operazioni di insiemistica su liste di k-meri
rec: genomethreader

software tool to compute gene structure predictions
rec: genometools

toolkit versatile per analisi genomiche
rec: genomicsdb-tools

sparse array storage library for genomics (tools)
rec: gentle

suite per pianificare clonazioni genetiche
rec: gff2aplot

grafici di allineamento di coppie per sequenze genomiche in PostScript
rec: gff2ps

produce PostScript grafico da file GFF
rec: gffread

conversioni di formati GFF/GTF, filtraggio di regioni, estrazione di sequenze FASTA
rec: ggd-utils

programmi per l'uso in ggd
rec: ghemical

ambiente di modellazione molecolare per GNOME
rec: ghmm

libreria generica per modelli di Markov nascosti - strumenti
rec: glam2

motivi proteici con interruzioni da sequenze non allineate
rec: gmap

allineamento tollerante agli SNP e con splicing per mRNA e letture corte
rec: grabix

piccolo strumento per accesso casuale a file BGZF
rec: graphlan

rappresentazioni circolari di alberi tassonomici e filogenetici
rec: grinder

versatile simulatore di letture di sequenziamento "omiche" shotgun e di ampliconi
rec: gromacs

simulatore di dinamica molecolare, con strumenti di costruzione e di analisi
rec: gsort

sort genomic data
rec: gubbins

analisi filogenetica di sequenze di genoma
rec: gwama

meta-analisi di associazioni a livello di intero genoma
rec: harvest-tools

archiviazione e post-elaborazione per allineamenti multipli genomici con riferimenti compressi
rec: hhsuite

sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment
rec: hilive

allineamento in tempo reale di letture Illumina
rec: hinge

assemblatore di letture lunghe del genoma basato su hinging
rec: hisat2

allineamento basato su grafi di letture corte di nucleotidi verso molti genomi
rec: hmmer

profilamento di modelli di Markov nascosti per analisi di sequenze proteiche
rec: hmmer2

profilamento di modelli di Markov nascosti per analisi di sequenze proteiche
rec: hyphy-mpi

test di ipotesi usando filogenesi (versione MPI)

or hyphy-pt

test di ipotesi usando filogenesi (versione Pthreads)
rec: idba

assemblatore iterativo con grafo di de Bruijn di letture corte
rec: igblast

Immunoglobulin and T cell receptor variable domain sequence analysis
rec: igor

inferisce processi di ricombinazione V(D)J da dati di sequenziamento
rec: igv

Integrative Genomics Viewer
rec: indelible

powerful and flexible simulator of biological evolution
rec: infernal

inferenza degli allineamenti strutturali secondari dell'RNA
rec: insilicoseq

sequencing simulator producing realistic Illumina reads
rec: ipig

integrazione di PSM con la visualizzazione con browser genomici
rec: iqtree

efficiente software filogenetico per massima verosimiglianza
rec: iva

assemblatore iterativo di sequenze di virus
rec: jaligner

algoritmo Smith-Waterman con miglioramento di Gotoh
rec: jalview

editor per allineamenti multipli
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conta i k-meri in sequenze di DNA
rec: jellyfish1

conta i k-meri in sequenze di DNA
rec: jmodeltest

selezione HPC di modelli di sostituzione di nucleotide
rec: jmol

visualizzatore molecolare
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allineamenti multipli di sequenza globali e progressivi
rec: kallisto

near-optimal RNA-Seq quantification
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obtain information about K and O types for Klebsiella genome assemblies
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attraversamento grafi, filtri e conteggi in memoria di k-meri in sequenze di DNA
rec: kineticstools

rilevazione di modifiche al DNA
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valuta e visualizza il fattore di impacchettamento interatomico delle proteine
rec: kissplice

rilevamento di vari tipi di polimorfismi in dati RNA-Seq
rec: kleborate

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rec: kma

mapping genomic sequences to raw reads directly against redundant databases
rec: kmc

conta i k-meri in sequenze genomiche
rec: kmer

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rec: kmerresistance

correla geni mappati con le specie predette di campioni WGS
rec: kraken

assegnazione di etichette tassonomiche a sequenze corte di DNA
rec: kraken2

taxonomic classification system using exact k-mer matches
rec: lagan

strumento estremamente parametrizzabile per allineamento globale di coppia di sequenze genomiche
rec: lamarc

analisi di verosimiglianza con algoritmo Metropolis che usa coalescenza casuale
rec: lamassemble

unisce letture "lunghe" di DNA che si sovrappongono in una sequenza di consenso
rec: lambda-align

allineatore locale per molti dati biologici
rec: lambda-align2

Local Aligner for Massive Biological DatA - v2
rec: last-align

confronto di sequenze biologiche su scala genomica
rec: lastz

allineamento di coppie di sequenze di DNA
rec: leaff

applicazioni e utilità per librerie di sequenze biologiche
rec: lefse

determina caratteristiche di organismi, cladi, unità tassonomiche, geni
rec: libpwiz-tools

strumenti a riga di comando di ProteoWizard
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analizzatori e utilità di conversione del formato usati da (ad esempio) profphd
rec: libvcflib-tools

libreria C++ per analizzare e manipolare file VCF (strumenti)
rec: lighter

fast and memory-efficient sequencing error corrector
rec: logol

strumento di corrispondenza a modelli che usa il linguaggio Logol
rec: loki

analisi MCMC di linkage in generici alberi genealogici
rec: ltrsift

post-elaborazione e classificazione di retrotrasposoni LTR
rec: lucy

DNA sequence quality and vector trimming tool
rec: lumpy-sv

infrastruttura probabilistica generica per scoperta di varianti strutturali
rec: macs

analisi basata su modelli di ChIP-Seq su sequenziatori di letture corte
rec: macsyfinder

rilevamento di sistemi macromolecolari in insiemi di dati di proteine
rec: maffilter

elabora allineamenti di genoma in Multiple Alignment Format
rec: mafft

programma per allineamenti multipli per sequenze aminoacidiche o nucleotidiche
rec: malt

sequence alignment and analysis tool to process sequencing data
rec: mapdamage

tracciamento e quantificazione di modelli di danno in sequenze di DNA antico
rec: mapsembler2

software per assemblaggio pensato per la bioinformatica
rec: maq

mappatura di corte sequenze di lunghezza fissa di DNA polimorfo su sequenze di riferimento
rec: maqview

visualizzatore grafico di allineamento di letture per brevi sequenze geniche
rec: mash

veloce stima di distanze in genoma e metagenoma usando MinHash
rec: massxpert

simulazione di dati di spettrometria di massa e modellazione per chimica dei polimeri (runtime)
rec: mauve-aligner

allineamento multiplo di genomi
rec: mcaller

trova metilazioni in letture nanopore
rec: mecat2

ultra-fast and accurate de novo assembly tools for SMRT reads
rec: megadepth

calcola la copertura da file di sequenziamento BigWig e BAM
rec: megahit

ultra-fast and memory-efficient meta-genome assembler
rec: megan-ce

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rec: melting

calcola la temperatura di fusione di doppie eliche di acidi nucleici
rec: meryl

conteggio di k-meri in- e out-of-core e utilità
rec: metabat

robust statistical framework for reconstructing genomes from metagenomic data
rec: metaphlan

analisi filogenetica metagenomica
rec: metastudent

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rec: mhap

hash con sensibilità locale per rilevare sovrapposizioni di letture lunghe
rec: microbegps

strumento di profilazione tassonomica esplorativa per dati metagenomici
rec: microbiomeutil

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rec: mindthegap

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rec: minexpert2

estrazione e visualizzazione di dati spettrometrici di massa MS^n (runtime)
rec: minia

assemblatore di sequenze biologiche a letture corte
rec: miniasm

assemblatore de novo ultraveloce per letture lunghe di sequenze di DNA con rumore
rec: minimac4

Fast Imputation Based on State Space Reduction HMM
rec: minimap

strumento per mappatura approssimata di biosequenze lunghe come letture di DNA
rec: minimap2

allineatore a coppie versatile per sequenze genomiche e nucleotidiche con splice
rec: mipe

strumenti per archiviare dati derivanti da PCR
rec: mira-assembler

assemblatore di sequenze di genomi interi con metodo shotgun e di EST
rec: mirtop

annotate miRNAs with a standard mirna/isomir naming
rec: mlv-smile

trova schemi statisticamente significativi in sequenze
rec: mmb

modella la struttura e la dinamica di macromolecole
rec: mmseqs2

raggruppamento in cluster e ricerca di proteine ultra-veloce e sensibile
rec: mosdepth

calcolo di profondità per BAM/CRAM per sequenziamenti biologici
rec: mothur

suite di analisi di sequenze per ricerche su microrganismi
rec: mptp

single-locus species delimitation
rec: mrbayes

inferenza bayesiana per filogenetica
rec: multiqc

output integration for RNA sequencing across tools and samples
rec: mummer

Allineamento efficiente di sequenze di genomi completi
rec: murasaki

strumento per rilevazione di omologie tra più genomi vasti

or murasaki-mpi

strumento per rilevazione di omologie tra più genomi vasti (versione MPI)
rec: muscle

programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche
rec: muscle3

programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche
rec: mustang

allineamento strutturale multiplo di proteine
rec: nanofilt

filtraggio e ritaglio di dati di sequenziamento con letture lunghe
rec: nanolyse

rimuove le letture del fago lambda da un file fastq
rec: nanook

analisi pre- e post-allineamento di dati di sequenziamento Nanopore
rec: nanopolish

identificatore di sequenze di consenso per dati di sequenziamento a nanopori
rec: nanostat

statistiche su sequenze biologiche lunghe
rec: nanosv

structural variant caller for nanopore data
rec: nast-ier

strumento per allineamento di DNA basato su NAST
rec: ncbi-acc-download

scarica file di genoma da NCBI per accession
rec: ncbi-blast+

suite di prossima generazione degli strumenti di ricerca di sequenze BLAST
rec: ncbi-blast+-legacy

script per vecchia chiamata a NCBI Blast
rec: ncbi-entrez-direct

NCBI Entrez utilities on the command line
rec: ncbi-epcr

strumento per testare la presenza di STS in sequenze di DNA
rec: ncbi-seg

strumento per mascherare segmenti con bassa complessità composizionale in sequenze di amminoacidi
rec: ncbi-tools-bin

librerie NCBI per applicazioni biologiche (utilità testuali)
rec: ncbi-tools-x11

librerie NCBI per applicazioni biologiche (utilità basate su X)
rec: ncl-tools

strumenti per lavorare con file NEXUS
rec: ncoils

predizione della struttura secondaria di una spirale superavvolta
rec: neobio

calcola allineamenti di sequenze di nucleotidi e aminoacidi
rec: ngmlr

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads
rec: njplot

programma per disegnare alberi filogenetici
rec: norsnet

strumento per identificare ripiegamenti non strutturati nelle proteine
rec: norsp

predictor of non-regular secondary structure
rec: ntcard

algoritmo in streaming per stimare la cardinalità in insiemi di dati genomici
rec: nxtrim

trimming ottimizzato di letture Illumina Mate Pair
rec: obitools

programmi per analizzare dati NGS in un contesto di DNA meta-barcoding
rec: openms

pacchetto per gestione ed analisi di dati LC/MS
rec: optimir

Integrating genetic variations in miRNA alignment
rec: pal2nal

converts proteins to genomic DNA alignment
rec: paleomix

pipelines and tools for the processing of ancient and modern HTS data
rec: paml

PAML (Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood)
rec: paraclu

raggruppamento in cluster parametrico di caratteristiche genomiche e transcrittomiche
rec: parasail

allineatore basato su libparasail
rec: parsinsert

INSERimenTo PARSimonioso di sequenze non classificate in alberi filogenetici
rec: parsnp

allineamenti multipli rapidi del genoma fondamentale
rec: patman

allineamento rapido di sequenze corte con vasti database
rec: pbdagcon

sequence consensus using directed acyclic graphs
rec: pbhoney

genomic structural variation discovery
rec: pbjelly

strumento per aggiornare assemblati di genoma
rec: pbsim

simulatore per letture di sequenziamento PacBio
rec: pbsuite

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progettazione grafica di primer per PCR
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mappatura efficiente di letture brevi con semi spaziati periodicamente
rec: pftools

build and search protein and DNA generalized profiles
rec: phast

phylogenetic analysis with space/time models
rec: phipack

test PHI e altri test di ricombinazione
rec: phybin

binning/clustering newick trees by topology
rec: phylip

pacchetto di programmi per inferire alberi filogenetici
rec: phylonium

stima veloce e accurata delle distanze evolutive
rec: phyml

stime filogenetiche usando il metodo della massima verosimiglianza
rec: physamp

sample sequence alignment corresponding to phylogeny
rec: phyutility

semplici analisi o modifica di alberi filogenetici e matrici di dati
rec: phyx

UNIX-style phylogenetic analyses on trees and sequences
rec: picard-tools

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rec: picopore

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rec: piler

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rec: pilercr

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rec: pilon

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rec: pinfish

Collection of tools to annotate genomes using long read transcriptomics data
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rec: pirs

Profile based Illumina pair-end Reads Simulator
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Identifies gene fusions in RNA sequencing data
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progetto Plasmid Constellation Network
rec: plasmidid

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rec: plasmidomics

Disegna mappe di plasmidi e vettori, esporta grafica PostScript
rec: plasmidseeker

identificazione di plasmidi noti da letture di sequenziamento di genomi interi
rec: plast

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insieme di strumenti di analisi per associazione dell'intero genoma
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rec: poa

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rec: porechop

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rec: poretools

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dati per PReprocessing and INformation of SEQuence (versione leggera)
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rec: probabel

insieme di strumenti per analisi di associazione a livello di genoma
rec: probalign

allineamento di sequenze multiple usando le probabilità a posteriori della funzione di ripartizione
rec: probcons

allineamenti multipli di sequenze probabilistici basati sulla coerenza
rec: proda

allineamento multiplo di sequenze proteiche
rec: prodigal

programma per trovare geni microbici (di batteri e archeobatteri)
rec: profbval

predittore di residui flessibili/rigidi di proteine da sequenze
rec: profisis

predizione di siti di interazione proteina-proteina dalla sequenza
rec: profnet-bval

architettura di rete neurale per profbval
rec: profnet-chop

architettura di rete neurale per profchop
rec: profnet-con

architettura di rete neurale per profcon
rec: profnet-isis

architettura di rete neurale per profisis
rec: profnet-md

architettura di rete neurale per metadisordine
rec: profnet-norsnet

architettura di rete neurale per norsnet
rec: profnet-prof

architettura di rete neurale per profacc
rec: profnet-snapfun

architettura di rete neurale per snapfun
rec: profphd-net

architettura di rete neurale per profphd
rec: profphd-utils

utilità ausiliarie convert_seq e filter_hssp per profphd
rec: proftmb

predizione per residuo di barili beta transmembrana batterici
rec: progressivemauve

algoritmi per allineamenti multipli di genomi
rec: prokka

annotazione rapida di genomi di procarioti
rec: proteinortho

rilevazione di (co-)ortologhi in analisi su vasta scala di proteine
rec: prottest

selezione di modelli di best-fit per evoluzione di proteine
rec: provean

Protein Variation Effect Analyzer
rec: pscan-chip

ChIP-based identifcation of TF binding sites
rec: pscan-tfbs

search for transcription factor binding sites
rec: psortb

bacterial localization prediction tool
rec: pullseq

estrae sequenze da un FASTA o FASTQ
rec: pycoqc

computes metrics and generates Interactive QC plots
rec: pycorrfit

strumento per fare il fit di curve di correlazione su un grafico logaritmico
rec: pyensembl

installs data from the Ensembl genome database
rec: pyfastx

fast random access to sequences from FASTA/Q file - command
rec: pymol

sistema di grafica per molecole
rec: pyscanfcs

strumento scientifico per FCS con scansione a linee perpendicolari
rec: python3-biomaj3-daemon

libreria per demone di BioMAJ
rec: python3-cogent3

infrastruttura per biologia genomica
rec: python3-emperor

visualizzazione di dati di comunità microbiche ad alte prestazioni
rec: python3-geneimpacts

wrapper per strumenti a riga di comando per valutare varianti in sequenze geniche
rec: python3-gffutils

lavorare con file GFF e GTF in un'infrastruttura a database flessibile
rec: python3-pairtools

infrastruttura per elaborare dati di sequenziamento da un esperimento Hi-C
rec: python3-pybedtools

wrapper in Python 3 intorno a BEDTools per lavori di bioinformatica
rec: python3-sqt

SeQuencing Tools for biological DNA/RNA high-throughput data
rec: python3-treetime

inference of time stamped phylogenies and ancestral reconstruction (Python 3)
rec: pyvcf

script ausiliari per l'analizzatore di Variant Call Format (VCF)
rec: qcat

demultiplexing di letture Oxford Nanopore da file FASTQ
rec: qcumber

controllo di qualità di sequenze genomiche
rec: qiime

Quantitative Insights Into Microbial Ecology
rec: qtltools

insieme di strumenti per scoperta e analisi di QTL molecolari
rec: quicktree

algoritmo di unione dei vicini per filogenie
rec: quorum

QUality Optimized Reads di sequenze genomiche
rec: qutemol

visualizzazione interattiva di macromolecole
rec: r-bioc-annotate

annotazioni BioConductor per microarray
rec: r-bioc-biostrings

oggetti stringa di GNU R che rappresentano sequenze biologiche
rec: r-bioc-cner

rilevazione e visualizzazione di CNE
rec: r-bioc-cummerbund

strumento per l'analisi dell'output RNA-Seq di Cufflinks
rec: r-bioc-deseq2

pacchetto R per analisi RNA-Seq di espressione differenziale
rec: r-bioc-ebseq

pacchetto R per analisi RNA-Seq di espressione differenziale
rec: r-bioc-edger

analisi empiriche per dati digitali di espressione genica in R
rec: r-bioc-genefilter

metodi per filtrare geni da esperimenti con microarray
rec: r-bioc-geoquery

ottiene dati da Gene Expression Omnibus (GEO) dell'NCBI
rec: r-bioc-hilbertvis

pacchetto GNU R per visualizzare dati vettoriali lunghi
rec: r-bioc-htsfilter

GNU R filter replicated high-throughput transcriptome sequencing data
rec: r-bioc-impute

imputazione per dati di microarray
rec: r-bioc-limma

modelli lineari per dati di microarray
rec: r-bioc-megadepth

BioCOnductor BigWig and BAM related utilities
rec: r-bioc-mergeomics

Integrative network analysis of omics data
rec: r-bioc-metagenomeseq

analisi statistiche per GNU R per sequenziamento sparso ad alte prestazioni
rec: r-bioc-mofa

Multi-Omics Factor Analysis (MOFA)
rec: r-bioc-multiassayexperiment

Software for integrating multi-omics experiments in BioConductor
rec: r-bioc-mutationalpatterns

GNU R comprehensive genome-wide analysis of mutational processes
rec: r-bioc-pcamethods

BioConductor collection of PCA methods
rec: r-bioc-phyloseq

gestione ed analisi per GNU R di dati di censimenti di microbiomi ad alte prestazioni
rec: r-bioc-rtracklayer

interfaccia GNU R per navigatori di genomi e loro tracce di annotazione
rec: r-bioc-scater

Single-Cell Analysis Toolkit for Gene Expression Data in R
rec: r-bioc-tfbstools

GNU R Transcription Factor Binding Site (TFBS) Analysis
rec: r-cran-adegenet

analisi esplorative di GNU R per dati genetici e genomici
rec: r-cran-adephylo

analisi esplorative per GNU R per il metodo di confronto filogenetico
rec: r-cran-alakazam

analisi di linee clonali e diversità per immunoglobuline
rec: r-cran-ape

pacchetto GNU R per analisi su filogenesi ed evoluzione
rec: r-cran-bio3d

pacchetto GNU R per l'analisi di strutture biologiche
rec: r-cran-distory

distanza tra storie filogenetiche per GNU R
rec: r-cran-genabel

pacchetto GNU R per l'analisi di associazioni SNP a livello di intero genoma
rec: r-cran-kaos

Encoding of Sequences Based on Frequency Matrix Chaos
rec: r-cran-metamix

GNU R bayesian mixture analysis for metagenomic community profiling
rec: r-cran-phangorn

GNU R package for phylogenetic analysis
rec: r-cran-phytools

GNU R phylogenetic tools for comparative biology
rec: r-cran-pscbs

R package: Analysis of Parent-Specific DNA Copy Numbers
rec: r-cran-qtl

pacchetto GNU R per analisi di linkage dei marcatori genetici
rec: r-cran-rotl

interfaccia GNU R all'API di "Open Tree of Life"
rec: r-cran-samr

GNU R significance analysis of microarrays
rec: r-cran-sdmtools

Species Distribution Modelling Tools
rec: r-cran-seqinr

recupero e analisi di sequenze biologiche per GNU R
rec: r-cran-seurat

Tools for Single Cell Genomics
rec: r-cran-shazam

Immunoglobulin Somatic Hypermutation Analysis
rec: r-cran-spp

GNU R ChIP-seq processing pipeline
rec: r-cran-tcr

Advanced Data Analysis of Immune Receptor Repertoires
rec: r-cran-tigger

Infers new Immunoglobulin alleles from Rep-Seq Data
rec: r-cran-treescape

esplorazione statistica con GNU R di panorami di alberi filogenetici
rec: r-cran-tsne

t-distributed stochastic neighbor embedding per R (t-SNE)
rec: r-cran-vegan

pacchetto per ecologia delle comunità per R
rec: r-cran-webgestaltr

find over-represented properties in gene lists
rec: r-cran-wgcna

Weighted Correlation Network Analysis
rec: r-other-ascat

Allele-Specific Copy Number Analysis of Tumours
rec: r-other-mott-happy.hbrem

pacchetto GNU R per mappatura fine di malattie complesse
rec: r-other-rajewsky-dropbead

Basic Exploration and Analysis of Drop-seq Data
rec: racon

consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads
rec: radiant

esplora dati gerarchici di metagenomi con grafici a torta con zoom
rec: ragout

Reference-Assisted Genome Ordering UTility
rec: rambo-k

Read Assignment Method Based On K-mers
rec: rampler

modulo per campionare sequenze genomiche
rec: rapmap

rapid sensitive and accurate DNA read mapping via quasi-mapping
rec: rasmol

visualizza macromolecole biologiche
rec: raster3d

strumenti per generare immagini di proteine o di altre molecole
rec: rate4site

rilevatore di siti amminoacidici conservati
rec: raxml

RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) di alberi filogenetici
rec: ray

de novo genome assemblies of next-gen sequencing data
rec: rdp-alignment

pacchetto di strumenti di allineamento del Ribosomal Database Project (RDP)
rec: rdp-classifier

extensible sequence classifier for fungal lsu, bacterial and archaeal 16s
rec: rdp-readseq

lettura e scrittura di sequenze RDP (Ribosomal Database Project)
rec: readseq

conversione tra formati di sequenze
rec: readucks

Nanopore read de-multiplexer (read demux -> readux -> readucks, innit)
rec: reapr

strumento universale per valutazione di assemblaggi genomici
rec: recan

disegno della distanza genetica per analisi di eventi di ricombinazione
rec: relion

toolkit per ricostruzioni 3D in microscopia crio-elettronica
rec: relion-gui

toolkit per ricostruzioni 3D in microscopia crio-elettronica (applicazioni GUI)
rec: repeatmasker-recon

trova famiglie di ripetizioni in sequenze biologiche
rec: reprof

strumento per predire struttura secondaria e accessibilità di proteine
rec: resfinder

identifica geni acquisiti di resistenza agli antimicrobici
rec: rna-star

allineatore universale e ultraveloce di sequenziamento di RNA
rec: rnahybrid

predizione veloce ed efficace di doppiette microRNA/obiettivo
rec: roary

catena di strumenti autonoma ad alta velocità per pan-genomi
rec: rockhopper

system for analyzing bacterial RNA-seq data
rec: roguenarok

algoritmo versatile e scalabile per identificazione di taxa sconosciuti
rec: rsem

RNA-Seq tramite Expectation-Maximization
rec: rtax

classificazione di letture di sequenze di geni per RNA ribosomiale 16S
rec: runcircos-gui

strumento GUI per eseguire Circos
rec: saint

Significance Analysis of INTeractome - analisi di significato di interactomi
rec: salmid

identificatore rapido di Salmonella basato su k-meri da dati di sequenza
rec: salmon

wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data
rec: sambamba

strumenti per lavorare con dati SAM/BAM
rec: samblaster

marks duplicates, extracts discordant/split reads
rec: samclip

filter SAM file for soft and hard clipped alignments
rec: samtools

elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM
rec: savvy-util

strumento di conversione per il formato di file SAV
rec: scoary

studi di associazione per intero pangenoma
rec: scrappie

basecaller for Nanopore sequencer
rec: scrm

simulatore di evoluzione di sequenze genetiche
rec: scythe

strumento bayesiano di taglio di adattatori per letture di sequenze
rec: seaview

interfaccia multipiattaforma per l'allineamento di sequenze e filogenia
rec: seer

analisi di arricchimento di elementi di sequenze genomiche (k-meri)
rec: segemehl

mappatura di letture corte con gap
rec: seqan-apps

libreria C++ per l'analisi di sequenze biologiche
rec: seqan-needle

pre-filter for the counting of very large collections of nucleotide sequences
rec: seqan-raptor

pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences
rec: seqkit

toolkit multipiattaforma e ultraveloce per manipolazione di file FASTA/Q
rec: seqmagick

interfaccia simile a imagemagick per Biopython SeqIO
rec: seqprep

rimozione di adattatori e/o unione di letture accoppiate di sequenze di DNA con sovrapposizioni
rec: seqsero

serotipizzazione di Salmonella da dati di sequenziamento del genoma
rec: seqtk

strumento veloce e leggero per elaborare sequenze in formato FASTA o FASTQ
rec: sga

assemblatore de novo di genoma che usa grafi di stringhe
rec: shasta

nanopore whole genome assembly (binaries and scripts)
rec: shovill

assemblaggio di genomi di isolati batterici da letture Illumina a terminali accoppiati
rec: sibelia

strumento per genomica comparativa
rec: sibsim4

allinea sequenze RNA espresse su un modello DNA
rec: sickle

windowed adaptive trimming tool for FASTQ files using quality
rec: sigma-align

semplici allineamenti multipli "greedy" di sequenze di DNA non codificante
rec: sim4

strumento per allineare cDNA e DNA genomico
rec: sim4db

batch spliced alignment of cDNA sequences to a target genome
rec: simka

metodo metagenomico comparativo dedicato a insiemi di dati NGS
rec: simkamin

metodo metagenomico comparativo approssimato dedicato a insiemi di dati NGS
rec: ska

Split Kmer Analysis
rec: skesa

strategic Kmer extension for scrupulous assemblies
rec: skewer

post-processing of high-throughput DNA sequence reads
rec: smalt

strumento per mappatura e allineamento di sequenze
rec: smithwaterman

determina regioni simili tra due stringhe o sequenze genomiche
rec: smrtanalysis

suite software per sequenziamento in tempo reale di molecole singole
rec: snap

posizione di geni da sequenze di DNA con modelli di Markov nascosti
rec: snap-aligner

programma scalabile per allineamento di nucleotidi
rec: sniffles

strumento per identificare varianti strutturali usando sequenziamento di terza generazione
rec: snp-sites

codice binario per il pacchetto snp-sites
rec: snpeff

genetic variant annotation and effect prediction toolbox - tool
rec: snpomatic

software per mappatura di letture corte veloce e stringente
rec: snpsift

tool to annotate and manipulate genome variants - tool
rec: soapaligner

allineatore di letture corte di sequenziatori di prossima generazione
rec: soapdenovo

metodo per assemblaggio di letture corte per costruire assemblati bozza de novo
rec: soapdenovo2

metodo per assemblaggio di letture corte per costruire assemblati bozza de novo
rec: soapsnp

utilità di risequenziamento che può assemblare sequenze di consenso di genomi
rec: sortmerna

strumento per filtraggio, mappatura e scelta di OTU per letture NGS
rec: spaced

alignment-free sequence comparison using spaced words
rec: spades

assemblatore di genomi per singola-cellula e insiemi di dati di isolati
rec: spaln

splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA
rec: spoa

SIMD partial order alignment tool
rec: sprai

single-pass sequencing read accuracy improver
rec: spread-phy

analizza e visualizza ricostruzioni filogeografiche
rec: squizz

convertitore per sequenze e allineamenti generici
rec: sra-toolkit

utilità per Sequence Read Archive di NCBI
rec: srst2

tipizzazione di sequenze di letture corte per batteri patogeni
rec: ssake

applicazione genomica per assemblare milioni di cortissime sequenze di DNA
rec: sspace

scaffolding pre-assembled contigs after extension
rec: ssw-align

Smith-Waterman aligner based on libssw
rec: stacks

pipeline for building loci from short-read DNA sequences
rec: staden

strumenti per assemblaggio (Gap4/Gap5), modifica e analisi di sequenze di DNA
rec: staden-io-lib-utils

programmi per manipolare file di sequenziamento del DNA
rec: stringtie

assemble short RNAseq reads to transcripts
rec: subread

toolkit per elaborare dati di sequenziamento di nuova generazione
rec: suitename

categorize each suite in an RNA backbone
rec: sumaclust

raggruppamento veloce in cluster di sequenze genomiche
rec: sumatra

confronto e raggruppamento in cluster di sequenze veloci ed esatti
rec: sumtrees

Phylogenetic Tree Summarization and Annotation
rec: surankco

assegnazione supervisionata di ranghi ai contig in assemblaggi de novo
rec: surpyvor

modifica di file VCF con SURVIVOR
rec: survivor

insieme di strumenti per simulare/valutare SV
rec: svim

Structural variant caller for long sequencing reads
rec: swarm

metodo robusto e veloce per raggruppamento in cluster per studi basati su ampliconi
rec: sweed

valutazione degli SNP per il loro vantaggio evoluzionistico
rec: t-coffee

allineamento di sequenze multiple
rec: tabix

indicizzatore generico per file di posizioni del genoma delimitate da TAB
rec: tantan

mascheratore di complessità bassa e ripetizioni tandem per biosequenze
rec: terraphast

enumerate terraces in phylogenetic tree space
rec: theseus

sovrappone macromolecole usando la massima verosimiglianza
rec: thesias

test di effetti di aplotipi in studi di associazione
rec: tiddit

structural variant calling
rec: tigr-glimmer

rilevamento di geni in archibatteri e batteri
rec: tm-align

allineamento strutturale di proteine
rec: tnseq-transit

statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions
rec: toil

motore per flusso di lavoro multipiattaforma
rec: tombo

identificazione di nucleotidi modificati da dati grezzi di sequenziamento Nanopore
rec: tophat-recondition

post-processore per letture di TopHat non mappate
rec: topp

insieme di programmi che implementano TOPP (The OpenMS Proteomic Pipeline)
rec: toppred

predizione della topologia transmembrana
rec: tortoize

Application to calculate ramachandran z-scores
rec: trace2dbest

bulk submission of chromatogram data to dbEST
rec: tracetuner

interpretation of DNA Sanger sequencing data
rec: transdecoder

find coding regions within RNA transcript sequences
rec: transrate-tools

ausilio per transrate
rec: transtermhp

trova terminatori di trascrizione indipendenti da rho in genomi batterici
rec: tree-puzzle

ricostruzione di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza

or tree-ppuzzle

ricostruzione in parallelo di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza
rec: treeview

re-implementazione in Java di TreeView di Michael Eisen
rec: treeviewx

visualizza e stampa alberi filogenetici
rec: trf

localizza e visualizza ripetizioni tandem in sequenze di DNA
rec: trim-galore

automate quality and adapter trimming for DNA sequencing
rec: trimmomatic

strumento flessibile per il taglio di letture per i dati NGS di Illumina
rec: tvc

strumento per identificare varianti per le piattaforme di sequenziamento Ion Torrent
rec: twopaco

costruzione del grafo de Bruijn compatto da molti genomi completi
rec: uc-echo

algoritmo a correzione di errore progettato per letture corte per NGS
rec: umap-learn

Uniform Manifold Approximation and Projection
rec: umis

tools for processing UMI RNA-tag data
rec: uncalled

Utility for Nanopore Current Alignment to Large Expanses of DNA
rec: unicycler

hybrid assembly pipeline for bacterial genomes
rec: unikmer

Toolkit for nucleic acid k-mer analysis
rec: varna

applet per visualizzazione di RNA
rec: vcfanno

annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files
rec: vcftools

raccolta di strumenti per lavorare con file VCF
rec: velvet

assemblatore di sequenze di acidi nucleici da sequenze molto corte

or velvet-long

assemblatore di sequenze di acidi nucleici da sequenze molto corte, versione lunga
rec: velvetoptimiser

ottimizza automaticamente i parametri per assemblaggio de novo di Velvet
rec: virulencefinder

identifica geni di virulenza in isolati batterici sequenziati totalmente o parzialmente
rec: vmatch

software per analisi di sequenze su grande scala
rec: vsearch

strumento per elaborare sequenze metagenomiche
rec: vt

toolset for short variant discovery in genetic sequence data
rec: wham-align

Wisconsin's High-Throughput Alignment Method
rec: wigeon

reimplementazione dell'utilità Pintail di rilevazione di anomalie nel DNA 16S
rec: wise

confronto tra biopolimeri, come DNA e sequenze proteiche
rec: xpore

Nanopore analysis of differential RNA modifications
rec: yaha

find split-read mappings on single-end queries
rec: yanagiba

filter low quality Oxford Nanopore reads basecalled with Albacore
rec: yanosim

read simulator nanopore DRS datasets

sug: acacia

Package not available
sug: adun.app

simulatore molecolare per GNUstep (GUI)
sug: agat

Package not available
sug: amos-assembler

Package not available
sug: amoscmp

Package not available
sug: anfo

Package not available
sug: annovar

Package not available
sug: apollo

Package not available
sug: arachne

Package not available
sug: arb

phylogenetic sequence analysis suite - main program
sug: arvados

Package not available
sug: asap

Package not available
sug: axparafit

Package not available
sug: axpcoords

Package not available
sug: bagpipe

Package not available
sug: bambus

Package not available
sug: bax2bam

Package not available
sug: bcbio

toolkit for analysing high-throughput sequencing data
sug: biceps

Package not available
sug: big-blast

Package not available
sug: bigsdb

Package not available
sug: bismark

Package not available
sug: blat

Package not available
sug: blimps-utils

blocks database improved searcher
sug: blobology

Package not available
sug: braker

Package not available
sug: btk-core

Package not available
sug: cactus

Package not available
sug: caftools

Package not available
sug: card-rgi

Package not available
sug: catfishq

concatena file fastq
sug: cdna-db

Package not available
sug: cellprofiler

Package not available
sug: cinema

Package not available
sug: cluster3

Reimplementation of the Eisen-clustering software
sug: cmap

Package not available
sug: conda-package-handling

creazione ed estrazione di pacchetti conda in vari formati
sug: condetri

Package not available
sug: contrafold

Package not available
sug: contralign

Package not available
sug: coot

Package not available
sug: copycat

Package not available
sug: covpipe

Package not available
sug: crossbow

Package not available
sug: crux-toolkit

Package not available
sug: cufflinks

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq
sug: cytoscape

Package not available
sug: dascrubber

alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads
sug: dazzle

Package not available
sug: deepbinner

Package not available
sug: deepnano

Package not available
sug: dendroscope

Package not available
sug: diann

Package not available
sug: dnapi

previsione di adattatori per sequenziamento di piccoli RNA - utilità
sug: e-hive

Package not available
sug: ecell

Package not available
sug: embassy-phylip

Package not available
sug: emboss-explorer

GUI basata su web per EMBOSS
sug: ensembl

Package not available
sug: ensembl-vep

Package not available
sug: epigrass

Package not available
sug: estferret

Package not available
sug: euler-sr

Package not available
sug: euler2

Package not available
sug: exabayes

Package not available
sug: exalt

Package not available
sug: excavator

Package not available
sug: ffp

Package not available
sug: fieldbioinformatics

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sug: figaro

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sug: flappie

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sug: forester

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sug: forge

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sug: galaxy

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sug: gatk

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sug: gbrowse-syn

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sug: genesplicer

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sug: genetrack

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Package not available
sug: gerp++

Package not available
sug: getdata

gestione di database esterni
sug: glimmerhmm

Package not available
sug: gmv

Package not available
sug: gramalign

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sug: graphbin

Package not available
sug: graphmap2

Package not available
sug: haploview

Package not available
sug: hawkeye

Package not available
sug: htqc

Package not available
sug: hts-nim-tools

tools biological sequences: bam-filter, count-reads, vcf-check
sug: idefix

Package not available
sug: idseq-bench

Benchmark generator for the IDseq Portal
sug: igdiscover

Package not available
sug: illustrate

cartoonish representations of large biological molecules
sug: inspect

Package not available
sug: jbrowse

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sug: jigsaw

Package not available
sug: kempbasu

Package not available
sug: libhdf5-dev

HDF5 - file di sviluppo - versione seriale
sug: libhnswlib-dev

fast approximate nearest neighbor search
sug: lofreq

Package not available
sug: mach-haplotyper

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sug: mage2tab

Package not available
sug: maker2

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sug: manta

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sug: maude

infrastruttura logica ad alte prestazioni
sug: maxd

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sug: meme

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sug: metabit

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sug: metaeuk

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sug: metarep

Package not available
sug: metastudent-data

strumento di predizione di termini Gene Ontology da sequenze proteiche - file dei dati
sug: metastudent-data-2

strumento di predizione di termini Gene Ontology da sequenze proteiche - dati n.2
sug: migrate

Package not available
sug: minimus

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sug: mirbase

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sug: modeller

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sug: molekel

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sug: mosaik-aligner

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sug: mpsqed

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sug: mrs

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sug: mummergpu

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sug: mview

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sug: nanocomp

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sug: ncbi-magicblast

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sug: nextsv

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sug: partitionfinder

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sug: phagefinder

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sug: phpphylotree

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sug: pufferfish

Package not available
sug: purple

Package not available
sug: pyrophosphate-tools

Package not available
sug: python3-alignlib

distanze di edit e di Hamming per sequenze biologiche
sug: python3-anndata

annotated gene by sample numpy matrix
sug: python3-cgecore

modulo Python 3 per il Center for Genomic Epidemiology
sug: python3-cyvcf2

VCF parser based on htslib (Python 3)
sug: python3-deeptools

platform for exploring biological deep-sequencing data
sug: python3-deeptoolsintervals

handlig GTF-like sequence-associated interal-annotation
sug: python3-htseq

utilità per analizzare letture di sequenziamento ad alta efficienza del genoma per Python 3
sug: python3-intake

lightweight package for finding and investigating data
sug: python3-loompy

access loom formatted files for bioinformatics
sug: python3-nanoget

extract information from Oxford Nanopore sequencing data and alignments
sug: python3-nanomath

simple math function for other Oxford Nanopore processing scripts
sug: python3-ncls

datastructure for interval overlap queries
sug: python3-orange

Package not available
sug: python3-py2bit

access to 2bit files
sug: python3-pybel

linguaggio per espressioni biologiche
sug: python3-pychopper

identify, orient and trim full-length Nanopore cDNA reads
sug: python3-pyfaidx

accesso casuale efficiente per sottosequenze FASTA in Python 3
sug: python3-pyflow

leggero motore per compiti paralleli per Python
sug: python3-pyranges

rappresentazione 2D di intervalli genomici e delle loro annotazioni
sug: python3-pyrle

run length arithmetic in Python
sug: python3-pysam

interfaccia al formato SAM/BAM per allineamento e mappatura di sequenze (Python 3)
sug: python3-tinyalign

rappresentazione numerica delle differenze tra stringhe
sug: q2-alignment

plugin di QIIME 2 per generare e manipolare allineamenti
sug: q2-composition

Package not available
sug: q2-cutadapt

plugin QIIME 2 per lavorare con adattatori in dati di sequenze
sug: q2-dada2

plugin QIIME 2 per lavorare con adattatori in dati di sequenze
sug: q2-deblur

Package not available
sug: q2-demux

plugin QIIME 2 fare il demultiplexing delle letture di sequenze
sug: q2-diversity

Package not available
sug: q2-emperor

plugin QIIME2 per visualizzazione di "ordination plot"
sug: q2-feature-classifier

plugin QIIME 2 per gestione di classificazione tassonomica
sug: q2-feature-table

plugin QIIME 2 per gestione di operazioni su tabelle di caratteristiche
sug: q2-fragment-insertion

plugin di QIIME 2 per inserzione di frammenti
sug: q2-gneiss

Package not available
sug: q2-longitudinal

Package not available
sug: q2-metadata

plugin per QIIME 2 per lavorare con Metadati e visualizzarli
sug: q2-phylogeny

plugin QIIME 2 per filogenia
sug: q2-quality-control

plugin QIIME 2 per controllo qualità di dati di caratteristiche e sequenze
sug: q2-quality-filter

plugin QIIME 2 per filtraggio e taglio basato su PHRED
sug: q2-sample-classifier

plugin QIIME 2 per la predizione con apprendimento macchina di dati campionari
sug: q2-taxa

plugin QIIME 2 per lavorare con annotazioni tassonomiche di caratteristiche
sug: q2-types

plugin QIIME 2 che definisce tipi per analisi di microbioma
sug: q2-vsearch

Package not available
sug: q2cli

interfaccia a riga di comando basata su clic per QIIME 2
sug: q2templates

pacchetto per modello di struttura per plugin QIIME 2
sug: qtlcart

Package not available
sug: qtlreaper

Package not available
sug: qualimap

Package not available
sug: quast

Package not available
sug: r-bioc-annotationhub

client GNU R per accedere a risorse AnnotationHug
sug: r-bioc-aroma.light

BioConductor methods normalization and visualization of microarray data
sug: r-bioc-beachmat

I/O for several formats storing matrix data
sug: r-bioc-biocneighbors

Nearest Neighbor Detection for Bioconductor Packages
sug: r-bioc-biocsingular

decomposizione ai valori singolari per pacchetti Bioconductor
sug: r-bioc-bitseq

Package not available
sug: r-bioc-ctc

conversione di cluster e alberi (Cluster and Tree Conversion)
sug: r-bioc-dnacopy

R package: DNA copy number data analysis
sug: r-bioc-ensembldb

utilità per GNU R per creare e usare un database di annotazioni basato su Ensembl
sug: r-bioc-experimenthub

BioConductor client to access ExperimentHub resources
sug: r-bioc-geneplotter

pacchetto R di funzioni per disegnare dati genomici
sug: r-bioc-genomicalignments

rappresentazione e manipolazione di allineamenti genomici corti per BioConductor
sug: r-bioc-genomicfiles

Distributed computing by file or by range
sug: r-bioc-genomicranges

rappresentazione e manipolazione di intervalli genomici di BioConductor
sug: r-bioc-go.db

annotation maps describing the entire Gene Ontology
sug: r-bioc-grohmm

GRO-seq Analysis Pipeline
sug: r-bioc-gviz

disegno di dati e informazioni di annotazioni vicino a coordinate genomiche
sug: r-bioc-isoformswitchanalyzer

Identify, Annotate and Visualize Alternative Splicing and
sug: r-bioc-mofa2

Package not available
sug: r-bioc-org.hs.eg.db

annotazioni a livello di tutto genoma per l'Uomo
sug: r-bioc-org.mm.eg.db

Package not available
sug: r-bioc-qusage

qusage: Quantitative Set Analysis for Gene Expression
sug: r-bioc-savr

analisi di file SAV di Illumina per GNU R
sug: r-bioc-singlecellexperiment

S4 Classes for Single Cell Data
sug: r-bioc-structuralvariantannotation

Variant annotations for structural variants
sug: r-bioc-tximport

transcript-level estimates for biological sequencing
sug: r-cran-amap

un altro pacchetto di analisi multidimensionale
sug: r-cran-biwt

biweight mean vector and covariance and correlation
sug: r-cran-boolnet

assemblaggio, analisi e visualizzazione di reti booleane
sug: r-cran-corrplot

visualizzazione di una matrice di correlazione
sug: r-cran-drinsight

Package not available
sug: r-cran-dynamictreecut

Methods for Detection of Clusters in Hierarchical Clustering
sug: r-cran-epir

funzioni GNU R per analisi di dati epidemiologici
sug: r-cran-fitdistrplus

support fit of parametric distribution
sug: r-cran-forecast

GNU R forecasting functions for time series and linear models
sug: r-cran-gprofiler2

Interface to the 'g:Profiler' Toolset
sug: r-cran-minerva

Maximal Information-Based Nonparametric Exploration
sug: r-cran-optimalcutpoints

calcolo dei punti di cut-off ottimali in test diagnostici
sug: r-cran-parmigene

Parallel Mutual Information to establish Gene Networks
sug: r-cran-pheatmap

pacchetto GNU R per creare belle mappe di calore
sug: r-cran-qqman

pacchetto R per visualizzare i risultati di GWAS usando grafi Q-Q e Manhattan
sug: r-cran-rcpphnsw

R bindings for a Library for Approximate Nearest Neighbors
sug: r-cran-rentrez

interfaccia GNU R all'API EUtils di NCBI
sug: r-cran-sctransform

Variance Stabilizing Transformations for Single Cell UMI Data
sug: r-other-apmswapp

Package not available
sug: r-other-fastbaps

Package not available
sug: raccoon

Package not available
sug: raxml-ng

Package not available
sug: rbs-finder

Package not available
sug: relion-cuda

parallel toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy
sug: relion-gui-cuda

toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy (gui apps)
sug: repeatmasker

Package not available
sug: resfinder-db

il database di ResFinder è un database curato di geni acquisiti di resistenza
sug: roadtrips

Package not available
sug: roche454ace2caf

Package not available
sug: rosa

Package not available
sug: rose

Package not available
sug: rsat

Package not available
sug: sailfish

Package not available
sug: sap

Package not available
sug: science-workflow

sistemi di gestione dei flussi di lavoro per ricerca scientifica
sug: sepp

Package not available
sug: seq-gen

simulate the evolution of nucleotide or amino acid sequences
sug: seq-seq-pan

Package not available
sug: seqcluster

analysis of small RNA in NGS data
sug: seqwish

Package not available
sug: sift

predicts if a substitution in a protein has a phenotypic effect
sug: signalalign

Package not available
sug: sina

Package not available
sug: sistr

Package not available
sug: situs

Package not available
sug: snippy

Package not available
sug: solvate

arranges water molecules around protein structures
sug: sourmash

Package not available
sug: sparta

Package not available
sug: splitstree

Package not available
sug: ssaha

Package not available
sug: strap

Package not available
sug: strap-base

Package not available
sug: strelka

Package not available
sug: tab2mage

Package not available
sug: tacg

Package not available
sug: tandem-genotypes

Package not available
sug: taverna

Package not available
sug: taxinspector

Package not available
sug: tetra

Package not available
sug: tide

Package not available
sug: tigr-glimmer-mg

Package not available
sug: tipp

Package not available
sug: tn-seqexplorer

Package not available
sug: tophat

Package not available
sug: treebuilder3d

Package not available
sug: trinityrnaseq

Package not available
sug: tripal

Package not available
sug: trnascan-se

detection of transfer RNA genes in genomic sequence
sug: twain

Package not available
sug: ufasta

Package not available
sug: ugene

Package not available
sug: umap

Package not available
sug: unc-fish

Package not available
sug: uniprime

Package not available
sug: varmatch

Package not available
sug: varscan

variant detection in next-generation sequencing data
sug: vdjtools

framework for post-analysis of B/T cell repertoires
sug: vg

Package not available
sug: vienna-rna

RNA sequence analysis
sug: viewmol

Package not available
sug: vmd

Package not available
sug: x-tandem-pipeline

Package not available
sug: zodiac-zeden

Package not available

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