Package: any2fasta (0.4.2-2)

[ Source: any2fasta  ]

converte vari formati per sequenze in FASTA

Strumenti consolidati come readseq e seqret da EMBOSS creano entrambi ID storpiati contenenti caratteri "|" o "." e non c'è modo di correggere questo comportamento. Ciò porta a incongruenze tra le versioni .gbk e .fna dei file nelle catene di elaborazione.

Questo script usa solo moduli principali di Perl, non ha altre dipendenze come Bioperl o Biopython e viene eseguito molto velocemente.

Gestisce i seguenti formati di input:

 1. file semplici di Genbank, tipicamente .gb, .gbk, .gbff (iniziano con
    LOCUS)
 2. file semplici di EMBL, tipicamente .embl, (iniziano con ID)
 3. GFF con sequenze, tipicamente .gff, .gff3 (iniziano con ##gff)
 4. FASTA DNA, tipicamente .fasta, .fa, .fna, .ffn (iniziano con >)
 5. FASTQ DNA, tipicamente .fastq, .fq (iniziano con @)
 6. allineamenti CLUSTAL, tipicamente .clw, .clu (iniziano con CLUSTAL o
    MUSCLE)
 7. allineamenti STOCKHOLM, tipicamente .sth (iniziano con # STOCKHOLM)
 8. grafi di assemblaggi GFA, tipicamente .gfa (iniziano con ^[A-Z]\t)

I file possono essere compressi con:

 1. gzip, tipicamente .gz
 2. bzip2, tipicamente .bz2
 3. zip, tipicamente .zip

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  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

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