Package: changeo (1.3.0-1)

[ Source: changeo  ]

toolkit per assegnazione di repertori clonali (Python 3)

Change-O è una raccolta di strumenti per elaborare l'output di strumenti di allineamento V(D)J, assegnando cluster clonali a sequenze di immunoglobuline (Ig) e ricostruendo sequenze di linee germinali.

Grandi miglioramenti nelle tecnologie di sequenziamento ad alte prestazioni permettono oggi la caratterizzazione su vasta scala di repertori di Ig, definiti come raccolte di proteine antigene-recettore trans-membrana situate sulla superficie delle cellule B e T. Change-O è una suite di utilità per facilitare l'analisi avanzata di sequenze di Ig e di TCR seguendo l'assegnazione di segmenti a linee germinali. Change-O gestisce l'output di IMGT/HighV-QUEST e IgBLAST, e fornisce un'ampia varietà di metodi di clustering per assegnare gruppi clonali a sequenze di Ig. Sono inclusi anche ordinamento dei record, raggruppamento e varie operazioni di manipolazione su database.

Questo pacchetto installa la libreria per Python 3.

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