Package: qiime (2022.11.1-2)

[ Source: qiime  ]

Quantitative Insights Into Microbial Ecology

I microorganismi circondano noi, gli animali, le piante e tutti i loro parassiti con un grande effetto su tutti questi e sull'ambiente in cui vivono. Si può pensare alla qualità del suolo, ma anche all'effetto che i batteri hanno gli uni sugli altri. L'uomo influenza l'abbondanza assoluta e relativa dei batteri con gli antibiotici, il cibo, i fertilizzanti, e ogni altra cosa a cui si può pensare, e questi cambiamenti hanno un effetto su di noi.

QIIME 2 è un pacchetto per analisi del microbioma potente, estensibile e decentralizzato con attenzione a trasparenza di analisi e dati. QIIME2 permette ai ricercatori di iniziare un'analisi con dati di sequenze di DNA grezze e finire con figure di qualità di pubblicazione e risultati statistici. Caratteristiche principali:

 * tracciamento integrato e automatico della provenienza dei dati;
 * sistema di tipi semantici;
 * sistema a plugin per estendere le funzionalità di analisi del
   microbioma;
 * gestione per più tipi di interfacce utente (es. API, riga di comando,
   grafica).

QIIME 2 è un completo rifacimento e riscrittura della catena di analisi di microbioma QIIME 1. QIIME 2 risolve molte delle limitazioni di QIIME 1 mantenendo al contempo le funzionalità che fanno di QIIME 1 una catena di analisi potente e ampiamente utilizzata.

QIIME 2 attualmente gestisce una catena di elaborazione iniziale end-to-end per analisi del microbioma. Nuove funzionalità diventeranno regolarmente disponibili attraverso plugin per QIIME 2. Si può vedere un elenco dei plugin attualmente disponibili sulla pagina dei plugin disponibili di QIIME 2. La pagina dei plugin futuri elenca i plugin che sono in fase di sviluppo.

Tags: Role: Program

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