Package: barrnap (0.9+dfsg-3)

[ Source: barrnap  ]

predizione veloce di RNA ribosomiale

Barrnap (BAsic Rapid Ribosomal RNA Predictor) predice la posizione nei genomi dei geni del RNA ribosomiale. Gestisce batteri (5S, 23S, 16S), archaea (5S, 5,8S, 23S, 16S), mitocondri (12S, 16S) ed eucarioti (5S, 5,8S, 28S, 18S).

Accetta in input sequenze di DNA FASTA e scrive GFF3 come output. Utilizza lo strumento NHMMER che viene fornito con HMMER 3.1 per la ricerca HMM in stile RNA:DNA. È gestito l'uso di più thread e ci si possono attendere aumenti della velocità approssimativamente lineari con l'aumentare delle CPU.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::perl, interface::commandline, Role: Program, Purpose: use::searching, works-with::biological-sequence

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