Package: gasic (0.0.r19-8)

[ Source: gasic  ]

correzione della similarità dell'abbondanza del genoma

Un obiettivo dell'analisi metagenomica basata sul sequenziamento è la valutazione tassonomica quantitativa delle composizioni delle comunità microbiche. Tuttavia, la maggioranza degli approcci o quantifica a bassa risoluzione (es. a livello di phylum) o ha gravi problemi nel distinguere specie estremamente simili. Ciononostante, un'accurata quantificazione a livello di specie è desiderabile in applicazioni come diagnostica metagenomica o confronto di comunità. GASiC è un metodo per correggere i risultati dell'allineamento delle letture per le ambiguità imposte dalle similarità dei genomi. Ha prestazioni superiori rispetto ai metodi esistenti.

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  correzione della similarità dell'abbondanza del genoma (dati di esempio)

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