Paquet : nanopolish (0.14.0-1 et autres)

[ Paquet source : nanopolish  ]

identification de consensus pour les données de séquençage par nanopore

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Autres paquets associés à nanopolish

• dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [ppc64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, ia64, loong64, ppc64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [non armel, armhf, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Paquet indisponible

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [sparc64]

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [non sparc64]

• dep: libhdf5-100 [sparc64]

  Paquet indisponible

• dep: libhdf5-103-1 [ppc64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-103-1t64 [ia64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [non ia64, ppc64, sparc64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhts2 [sparc64]

  Paquet indisponible

• dep: libhts3 (>= 1.10) [ppc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [non ppc64, sparc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libslow5-0 (>= 0.5.1+dfsg) [hppa]

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1) [non hppa, ppc64, sparc64]

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [non ia64, m68k, ppc64, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ppc64]

• dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1) [non ppc64, sparc64]

  fast integer compression in C using the StreamVByte codec

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: perl [non sparc64]

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: python3 [non sparc64]

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [non armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

  Bibliothèque de compression - binaires

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

• rec: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• rec: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• sug: make

  utilitaire pour mener la compilation

• sug: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• sug: python [sparc64]

  Paquet indisponible

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Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	0.14.0-1+b2	2 138,2 ko	9 862,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	0.14.0-1+b3	2 149,9 ko	9 639,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.14.0-1+b4	2 080,4 ko	9 475,0 ko	[liste des fichiers]
armel	0.14.0-1+b2	2 085,0 ko	9 533,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.14.0-1+b3	2 087,4 ko	9 217,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	0.14.0-1+b2	2 140,7 ko	9 757,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.14.0-1+b3	2 170,9 ko	9 709,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	0.14.0-1+b1	2 281,9 ko	10 820,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	0.14.0-1+b2	2 126,8 ko	9 665,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	0.14.0-1+b2	2 118,0 ko	9 409,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.14.0-1+b2	2 106,0 ko	9 846,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	0.13.3-2	2 208,6 ko	9 987,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.14.0-1+b2	2 150,9 ko	9 859,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	0.14.0-1+b4	2 141,0 ko	9 311,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	0.14.0-1+b2	2 260,5 ko	9 603,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	0.5.0-1+b1	1 799,8 ko	3 490,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	0.14.0-1+b3	2 151,4 ko	9 553,0 ko	[liste des fichiers]