[ 源代码： nanopolish ]
软件包：nanopolish（0.14.0-1 以及其他的）
consensus caller for nanopore sequencing data
Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.
其他与 nanopolish 有关的软件包
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- dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]
- GNU C 语言运行库：共享库
同时作为一个虚包由这些包填实： libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.29) [ppc64]
- dep: libc6 (>= 2.38) [除 alpha, ia64, ppc64, sh4, sparc64]
- dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]
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- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
- GNU C 语言运行库：共享库
同时作为一个虚包由这些包填实： libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [alpha, amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, x32]
- GCC 支持库
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]
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- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC 支持库
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- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC 支持库
-
- dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]
- 软件包暂时不可用
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- dep: libgomp1 (>= 4.9) [sparc64]
- GCC OpenMP（GOMP）支持库
- dep: libgomp1 (>= 6) [除 sparc64]
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- dep: libhdf5-100 [sparc64]
- 软件包暂时不可用
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- dep: libhdf5-103-1 [ppc64]
- HDF5 C runtime files - serial version
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- dep: libhdf5-103-1t64 [ia64]
- HDF5 C runtime files - serial version
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- dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [除 ia64, ppc64, sparc64]
- HDF5 C runtime files - serial version
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- dep: libhts2 [sparc64]
- 软件包暂时不可用
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- dep: libhts3 (>= 1.10) [ppc64]
- C library for high-throughput sequencing data formats
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- dep: libhts3t64 (>= 1.17) [除 ppc64, sparc64]
- C library for high-throughput sequencing data formats
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- dep: libslow5-0 (>= 0.5.1+dfsg) [hppa]
- library for reading & writing SLOW5 files
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- dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1) [除 hppa, ppc64, sparc64]
- library for reading & writing SLOW5 files
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]
- GNU 标准 C++ 库，第3版
- dep: libstdc++6 (>= 14) [除 ia64, m68k, ppc64, sparc64]
- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]
- dep: libstdc++6 (>= 9) [ppc64]
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- dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1) [除 ppc64, sparc64]
- fast integer compression in C using the StreamVByte codec
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- dep: libunwind8 [ia64]
- library to determine the call-chain of a program - runtime
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- dep: perl [除 sparc64]
- 拉里 沃尔的实用报表提取语言(Perl)
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- dep: python3 [除 sparc64]
- 交互式高级面向对象语言（默认 python3 版本）
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [除 armel, armhf, hppa, m68k, sh4]
- 压缩库 - 运行时
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]
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- rec: python3-biopython
- Python3 library for bioinformatics
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- rec: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
下载 nanopolish
| 硬件架构 | 版本 | 软件包大小 | 安装后大小 | 文件 |
|---|---|---|---|---|
| alpha （非官方移植版） | 0.14.0-1+b2 | 2,138.2 kB | 9,862.0 kB | [文件列表] |
| amd64 | 0.14.0-1+b3 | 2,149.9 kB | 9,639.0 kB | [文件列表] |
| arm64 | 0.14.0-1+b3 | 2,079.4 kB | 9,475.0 kB | [文件列表] |
| armel | 0.14.0-1+b2 | 2,085.0 kB | 9,533.0 kB | [文件列表] |
| armhf | 0.14.0-1+b2 | 2,090.4 kB | 9,129.0 kB | [文件列表] |
| hppa （非官方移植版） | 0.14.0-1+b2 | 2,140.7 kB | 9,757.0 kB | [文件列表] |
| i386 | 0.14.0-1+b2 | 2,171.1 kB | 9,713.0 kB | [文件列表] |
| ia64 （非官方移植版） | 0.14.0-1+b1 | 2,281.9 kB | 10,820.0 kB | [文件列表] |
| m68k （非官方移植版） | 0.14.0-1+b2 | 2,118.0 kB | 9,409.0 kB | [文件列表] |
| mips64el | 0.14.0-1+b2 | 2,106.0 kB | 9,846.0 kB | [文件列表] |
| ppc64 （非官方移植版） | 0.13.3-2 | 2,208.6 kB | 9,987.0 kB | [文件列表] |
| ppc64el | 0.14.0-1+b2 | 2,150.9 kB | 9,859.0 kB | [文件列表] |
| riscv64 | 0.14.0-1+b3 | 2,144.4 kB | 9,315.0 kB | [文件列表] |
| sh4 （非官方移植版） | 0.14.0-1+b2 | 2,260.5 kB | 9,603.0 kB | [文件列表] |
| sparc64 （非官方移植版） | 0.5.0-1+b1 | 1,799.8 kB | 3,490.0 kB | [文件列表] |
| x32 （非官方移植版） | 0.14.0-1+b3 | 2,151.4 kB | 9,553.0 kB | [文件列表] |