パッケージ: nanopolish (0.14.0-1 など)

[ ソース: nanopolish  ]

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

その他の nanopolish 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [ppc64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [alpha, ia64, loong64, ppc64, sh4, sparc64 以外]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [armel, armhf, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  パッケージは利用できません

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [sparc64]

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

  dep: libgomp1 (>= 6) [sparc64 以外]

• dep: libhdf5-100 [sparc64]

  パッケージは利用できません

• dep: libhdf5-103-1 [ppc64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-103-1t64 [ia64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [ia64, ppc64, sparc64 以外]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhts2 [sparc64]

  パッケージは利用できません

• dep: libhts3 (>= 1.10) [ppc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ppc64, sparc64 以外]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libslow5-0 (>= 0.5.1+dfsg) [hppa]

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1) [hppa, ppc64, sparc64 以外]

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [ia64, m68k, ppc64, sparc64 以外]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ppc64]

• dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1) [ppc64, sparc64 以外]

  fast integer compression in C using the StreamVByte codec

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: perl [sparc64 以外]

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• dep: python3 [sparc64 以外]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4 以外]

  圧縮ライブラリ - ランタイム

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

• rec: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• rec: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• sug: make

  コンパイルを制御するユーティリティ

• sug: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• sug: python [sparc64]

  パッケージは利用できません

nanopolish のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	0.14.0-1+b2	2,138.2 kB	9,862.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	0.14.0-1+b3	2,149.9 kB	9,639.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	0.14.0-1+b4	2,080.4 kB	9,475.0 kB	[ファイル一覧]
armel	0.14.0-1+b2	2,085.0 kB	9,533.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	0.14.0-1+b3	2,087.4 kB	9,217.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	0.14.0-1+b2	2,140.7 kB	9,757.0 kB	[ファイル一覧]
i386	0.14.0-1+b3	2,170.9 kB	9,709.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	0.14.0-1+b1	2,281.9 kB	10,820.0 kB	[ファイル一覧]
loong64 (非公式の移植版)	0.14.0-1+b2	2,126.8 kB	9,665.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	0.14.0-1+b2	2,118.0 kB	9,409.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	0.14.0-1+b2	2,106.0 kB	9,846.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	0.13.3-2	2,208.6 kB	9,987.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	0.14.0-1+b2	2,150.9 kB	9,859.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	0.14.0-1+b4	2,141.0 kB	9,311.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	0.14.0-1+b2	2,260.5 kB	9,603.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	0.5.0-1+b1	1,799.8 kB	3,490.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	0.14.0-1+b3	2,151.4 kB	9,553.0 kB	[ファイル一覧]