パッケージ: nanopolish (0.14.0-1 など)

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類似のパッケージ:

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

その他の nanopolish 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.29) [ppc64]

dep: libc6 (>= 2.34) [hppa, m68k]

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.38) [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64 以外]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, x32]

GCC 共有ライブラリ

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC 共有ライブラリ
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC 共有ライブラリ
dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

パッケージは利用できません
dep: libgomp1 (>= 4.9) [sparc64]

GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

dep: libgomp1 (>= 6) [sparc64 以外]
dep: libhdf5-100 [sparc64]

パッケージは利用できません
dep: libhdf5-103-1 [ppc64]

HDF5 C runtime files - serial version
dep: libhdf5-103-1t64 [alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]

HDF5 C runtime files - serial version
dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64 以外]

HDF5 C runtime files - serial version
dep: libhts2 [sparc64]

パッケージは利用できません
dep: libhts3 (>= 1.10) [ppc64]

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ppc64, sparc64 以外]

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libslow5-0 (>= 0.5.1+dfsg) [hppa]

library for reading & writing SLOW5 files
dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1) [hppa, ppc64, sparc64 以外]

library for reading & writing SLOW5 files
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]

GNU 標準 C++ ライブラリ v3

dep: libstdc++6 (>= 14) [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64 以外]

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]

dep: libstdc++6 (>= 9) [ppc64]
dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1) [ppc64, sparc64 以外]

fast integer compression in C using the StreamVByte codec
dep: libunwind8 [ia64]

プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
dep: perl [sparc64 以外]

Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語
dep: python3 [sparc64 以外]

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [armel, armhf 以外]

圧縮ライブラリ - ランタイム

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf]

rec: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics
rec: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

sug: make

コンパイルを制御するユーティリティ
sug: perl

Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語
sug: python [sparc64]

パッケージは利用できません

nanopolish のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	0.14.0-1+b1	2,133.7 kB	9,606.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	0.14.0-1+b2	2,149.8 kB	9,639.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	0.14.0-1+b3	2,079.4 kB	9,475.0 kB	[ファイル一覧]
armel	0.14.0-1+b2	2,085.0 kB	9,533.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	0.14.0-1+b2	2,090.4 kB	9,129.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	0.14.0-1+b1	2,149.1 kB	9,501.0 kB	[ファイル一覧]
i386	0.14.0-1+b2	2,171.1 kB	9,713.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	0.14.0-1+b1	2,281.9 kB	10,820.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	0.14.0-1+b1	2,117.9 kB	9,409.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	0.14.0-1+b2	2,106.0 kB	9,846.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	0.13.3-2	2,208.6 kB	9,987.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	0.14.0-1+b2	2,150.9 kB	9,859.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	0.14.0-1+b3	2,144.4 kB	9,315.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	0.14.0-1+b1	2,257.1 kB	9,347.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	0.5.0-1+b1	1,799.8 kB	3,490.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	0.14.0-1+b3	2,151.4 kB	9,553.0 kB	[ファイル一覧]