Paket: nanopolish (0.14.0-1 och andra)

[ Källkod: nanopolish  ]

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Andra paket besläktade med nanopolish

• dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [ppc64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [ej alpha, ia64, loong64, ppc64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [ej armel, armhf, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC stödbibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC stödbibliotek

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [sparc64]

  GCC OpenMP (GOMP) support library

  dep: libgomp1 (>= 6) [ej sparc64]

• dep: libhdf5-100 [sparc64]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: libhdf5-103-1 [ppc64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-103-1t64 [ia64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [ej ia64, ppc64, sparc64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhts2 [sparc64]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: libhts3 (>= 1.10) [ppc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ej ppc64, sparc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libslow5-0 (>= 0.5.1+dfsg) [hppa]

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1) [ej hppa, ppc64, sparc64]

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  GNU standardbibliotek v3 för C++

  dep: libstdc++6 (>= 14) [ej ia64, m68k, ppc64, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ppc64]

• dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1) [ej ppc64, sparc64]

  fast integer compression in C using the StreamVByte codec

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: perl [ej sparc64]

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• dep: python3 [ej sparc64]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [ej armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

  Kompressionsbibliotek - körtidspaket

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

• rec: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• rec: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• sug: make

  utility for directing compilation

• sug: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• sug: python [sparc64]

  Paketet inte tillgängligt

Hämta nanopolish

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	0.14.0-1+b2	2.138,2 kbyte	9.862,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	0.14.0-1+b3	2.149,9 kbyte	9.639,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	0.14.0-1+b4	2.080,4 kbyte	9.475,0 kbyte	[filförteckning]
armel	0.14.0-1+b2	2.085,0 kbyte	9.533,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	0.14.0-1+b3	2.087,4 kbyte	9.217,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	0.14.0-1+b2	2.140,7 kbyte	9.757,0 kbyte	[filförteckning]
i386	0.14.0-1+b3	2.170,9 kbyte	9.709,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	0.14.0-1+b1	2.281,9 kbyte	10.820,0 kbyte	[filförteckning]
loong64 (inofficiell anpassning)	0.14.0-1+b2	2.126,8 kbyte	9.665,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	0.14.0-1+b2	2.118,0 kbyte	9.409,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	0.14.0-1+b2	2.106,0 kbyte	9.846,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	0.13.3-2	2.208,6 kbyte	9.987,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	0.14.0-1+b2	2.150,9 kbyte	9.859,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	0.14.0-1+b4	2.141,0 kbyte	9.311,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	0.14.0-1+b2	2.260,5 kbyte	9.603,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	0.5.0-1+b1	1.799,8 kbyte	3.490,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	0.14.0-1+b3	2.151,4 kbyte	9.553,0 kbyte	[filförteckning]