Пакет: nanopolish (0.14.0-1 и други)

[ Източник: nanopolish  ]

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Други пакети, свързани с nanopolish

• dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [ppc64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [не alpha, ia64, loong64, ppc64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [не armel, armhf, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC support library

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC support library

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Пакетът не е наличен

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [sparc64]

  GCC OpenMP (GOMP) support library

  dep: libgomp1 (>= 6) [не sparc64]

• dep: libhdf5-100 [sparc64]

  Пакетът не е наличен

• dep: libhdf5-103-1 [ppc64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-103-1t64 [ia64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [не ia64, ppc64, sparc64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhts2 [sparc64]

  Пакетът не е наличен

• dep: libhts3 (>= 1.10) [ppc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [не ppc64, sparc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libslow5-0 (>= 0.5.1+dfsg) [hppa]

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1) [не hppa, ppc64, sparc64]

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [не ia64, m68k, ppc64, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ppc64]

• dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1) [не ppc64, sparc64]

  fast integer compression in C using the StreamVByte codec

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: perl [не sparc64]

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• dep: python3 [не sparc64]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

  compression library - runtime

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

• rec: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• rec: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• sug: make

  utility for directing compilation

• sug: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• sug: python [sparc64]

  Пакетът не е наличен

Изтегляне на nanopolish

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	0.14.0-1+b2	2 138,2 кБ	9 862,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	0.14.0-1+b3	2 149,9 кБ	9 639,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	0.14.0-1+b4	2 080,4 кБ	9 475,0 кБ	[списък на файловете]
armel	0.14.0-1+b2	2 085,0 кБ	9 533,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	0.14.0-1+b3	2 087,4 кБ	9 217,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	0.14.0-1+b2	2 140,7 кБ	9 757,0 кБ	[списък на файловете]
i386	0.14.0-1+b3	2 170,9 кБ	9 709,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	0.14.0-1+b1	2 281,9 кБ	10 820,0 кБ	[списък на файловете]
loong64 (неофициална архитектура)	0.14.0-1+b2	2 126,8 кБ	9 665,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	0.14.0-1+b2	2 118,0 кБ	9 409,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	0.14.0-1+b2	2 106,0 кБ	9 846,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	0.13.3-2	2 208,6 кБ	9 987,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	0.14.0-1+b2	2 150,9 кБ	9 859,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	0.14.0-1+b4	2 141,0 кБ	9 311,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	0.14.0-1+b2	2 260,5 кБ	9 603,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	0.5.0-1+b1	1 799,8 кБ	3 490,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	0.14.0-1+b3	2 151,4 кБ	9 553,0 кБ	[списък на файловете]