Пакет: nanopolish (0.14.0-1 и другие)

[ Источник: nanopolish  ]

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Другие пакеты, относящиеся к nanopolish

• dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [ppc64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [не alpha, ia64, ppc64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [alpha, amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, x32]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Пакет недоступен

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [sparc64]

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [не sparc64]

• dep: libhdf5-100 [sparc64]

  Пакет недоступен

• dep: libhdf5-103-1 [ppc64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-103-1t64 [ia64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [не ia64, ppc64, sparc64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhts2 [sparc64]

  Пакет недоступен

• dep: libhts3 (>= 1.10) [ppc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [не ppc64, sparc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libslow5-0 (>= 0.5.1+dfsg) [hppa]

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1) [не hppa, ppc64, sparc64]

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [не ia64, m68k, ppc64, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ppc64]

• dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1) [не ppc64, sparc64]

  fast integer compression in C using the StreamVByte codec

• dep: libunwind8 [ia64]

  библиотека для выявления цепочки вызовов функций в программе

• dep: perl [не sparc64]

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: python3 [не sparc64]

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

  библиотека сжатия

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

• rec: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• rec: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• sug: make

  утилита управления компиляцией

• sug: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• sug: python [sparc64]

  Пакет недоступен

Загрузка nanopolish

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	0.14.0-1+b2	2 138,2 Кб	9 862,0 Кб	[список файлов]
amd64	0.14.0-1+b3	2 149,9 Кб	9 639,0 Кб	[список файлов]
arm64	0.14.0-1+b3	2 079,4 Кб	9 475,0 Кб	[список файлов]
armel	0.14.0-1+b2	2 085,0 Кб	9 533,0 Кб	[список файлов]
armhf	0.14.0-1+b2	2 090,4 Кб	9 129,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	0.14.0-1+b2	2 140,7 Кб	9 757,0 Кб	[список файлов]
i386	0.14.0-1+b2	2 171,1 Кб	9 713,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	0.14.0-1+b1	2 281,9 Кб	10 820,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	0.14.0-1+b2	2 118,0 Кб	9 409,0 Кб	[список файлов]
mips64el	0.14.0-1+b2	2 106,0 Кб	9 846,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	0.13.3-2	2 208,6 Кб	9 987,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	0.14.0-1+b2	2 150,9 Кб	9 859,0 Кб	[список файлов]
riscv64	0.14.0-1+b3	2 144,4 Кб	9 315,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	0.14.0-1+b2	2 260,5 Кб	9 603,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	0.5.0-1+b1	1 799,8 Кб	3 490,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	0.14.0-1+b3	2 151,4 Кб	9 553,0 Кб	[список файлов]