Paquet : nanopolish (0.13.2-3)

[ Paquet source : nanopolish  ]

identification de consensus pour les données de séquençage par nanopore

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Autres paquets associés à nanopolish

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [non armel, armhf, mipsel, ppc64el]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libhdf5-103-1

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [non arm64]

  Bibliothèque de compression - binaires

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [arm64]

• rec: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• rec: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• sug: make

  utilitaire pour mener la compilation

• sug: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	2 199,8 ko	9 539,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2 130,2 ko	9 334,0 ko	[liste des fichiers]
armel	2 126,7 ko	9 405,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	2 141,1 ko	8 985,0 ko	[liste des fichiers]
i386	2 247,0 ko	9 797,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2 140,4 ko	9 757,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	2 163,9 ko	9 796,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2 202,2 ko	9 795,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2 134,3 ko	9 626,0 ko	[liste des fichiers]