Paketti: nanopolish (0.14.0-1 ja muut)

[ Source: nanopolish  ]

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Muut pakettiin nanopolish liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [ppc64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [ei alpha, ia64, ppc64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [alpha, amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, x32]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Paketti ei saatavilla

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [sparc64]

  GCC OpenMP (GOMP) support library

  dep: libgomp1 (>= 6) [ei sparc64]

• dep: libhdf5-100 [sparc64]

  Paketti ei saatavilla

• dep: libhdf5-103-1 [ppc64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-103-1t64 [ia64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [ei ia64, ppc64, sparc64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhts2 [sparc64]

  Paketti ei saatavilla

• dep: libhts3 (>= 1.10) [ppc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ei ppc64, sparc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libslow5-0 (>= 0.5.1+dfsg) [hppa]

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1) [ei hppa, ppc64, sparc64]

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [ei ia64, m68k, ppc64, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ppc64]

• dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1) [ei ppc64, sparc64]

  fast integer compression in C using the StreamVByte codec

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: perl [ei sparc64]

  Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

• dep: python3 [ei sparc64]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [ei armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

• rec: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• rec: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• sug: make

  utility for directing compilation

• sug: perl

  Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

• sug: python [sparc64]

  Paketti ei saatavilla

Imuroi nanopolish

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	0.14.0-1+b2	2,138.2 kt	9,862.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	0.14.0-1+b3	2,149.9 kt	9,639.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	0.14.0-1+b3	2,079.4 kt	9,475.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	0.14.0-1+b2	2,085.0 kt	9,533.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	0.14.0-1+b2	2,090.4 kt	9,129.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	0.14.0-1+b2	2,140.7 kt	9,757.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	0.14.0-1+b2	2,171.1 kt	9,713.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	0.14.0-1+b1	2,281.9 kt	10,820.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	0.14.0-1+b2	2,118.0 kt	9,409.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	0.14.0-1+b2	2,106.0 kt	9,846.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	0.13.3-2	2,208.6 kt	9,987.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	0.14.0-1+b2	2,150.9 kt	9,859.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	0.14.0-1+b3	2,144.4 kt	9,315.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	0.14.0-1+b2	2,260.5 kt	9,603.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	0.5.0-1+b1	1,799.8 kt	3,490.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	0.14.0-1+b3	2,151.4 kt	9,553.0 kt	[tiedostoluettelo]