Paquet : nanopolish (0.11.0-2)

[ Paquet source : nanopolish  ]

identification de consensus pour les données de séquençage par nanopore

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Autres paquets associés à nanopolish

• dep: libc6 (>= 2.27)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.3.1)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libhdf5-103

  Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - runtime files - serial version

• dep: libhts2 (>= 1.4.1)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python

  langage interactif de haut niveau orienté objet (version Python2)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: python-biopython

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)

• rec: python-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 2)

• sug: make

  utilitaire pour mener la compilation

• sug: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	2 162,9 ko	9 781,0 ko	[liste des fichiers]