[ 原始碼： nanopolish ]
套件：nanopolish（0.14.0-1 以及其他的）
consensus caller for nanopore sequencing data
Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.
其他與 nanopolish 有關的套件
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- dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]
- GNU C 函式庫：共用函式庫
同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.29) [ppc64]
- dep: libc6 (>= 2.34) [除 alpha, ia64, ppc64, sh4, sparc64, x32]
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
- dep: libc6 (>= 2.38) [x32]
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- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU C 函式庫：共用函式庫
同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [amd64, arm64, i386, mips64el, x32]
- GCC 支援函式庫
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC 支援函式庫
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- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC 支援函式庫
-
- dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]
- 套件暫時不可用
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- dep: libgomp1 (>= 4.9) [sparc64]
- GCC OpenMP (GOMP) support library
- dep: libgomp1 (>= 6) [除 sparc64]
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- dep: libhdf5-100 [sparc64]
- 套件暫時不可用
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- dep: libhdf5-103-1 [ppc64]
- HDF5 C runtime files - serial version
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- dep: libhdf5-103-1t64 [除 ppc64, sparc64]
- HDF5 C runtime files - serial version
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- dep: libhts2 [sparc64]
- 套件暫時不可用
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- dep: libhts3 (>= 1.10) [ppc64]
- C library for high-throughput sequencing data formats
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- dep: libhts3t64 (>= 1.17) [除 ppc64, sparc64]
- C library for high-throughput sequencing data formats
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- dep: libslow5-0 (>= 0.5.1+dfsg) [hppa]
- library for reading & writing SLOW5 files
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- dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1) [除 hppa, ppc64, sparc64]
- library for reading & writing SLOW5 files
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [除 ppc64, sparc64, x32]
- GNU Standard C++ Library v3
- dep: libstdc++6 (>= 14) [x32]
- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]
- dep: libstdc++6 (>= 9) [ppc64]
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- dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1) [除 ppc64, sparc64]
- fast integer compression in C using the StreamVByte codec
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- dep: libunwind8 [ia64]
- library to determine the call-chain of a program - runtime
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- dep: perl [除 sparc64]
- Larry Wall's Practical Extraction and Report Language
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- dep: python3 [除 sparc64]
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [除 armel, armhf]
- 壓縮函式庫 - 跑程式時用(runtime)
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf]
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- rec: python3-biopython
- Python3 library for bioinformatics
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- rec: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
下載 nanopolish
| 硬體架構 | 版本 | 套件大小 | 安裝後大小 | 檔案 |
|---|---|---|---|---|
| alpha （非官方移植版） | 0.14.0-1+b1 | 2，133。7 kB | 9，606。0 kB | [檔案列表] |
| amd64 | 0.14.0-1+b1 | 2，144。8 kB | 9，343。0 kB | [檔案列表] |
| arm64 | 0.14.0-1+b1 | 2，073。9 kB | 9，219。0 kB | [檔案列表] |
| armel | 0.14.0-1+b1 | 2，078。6 kB | 9，253。0 kB | [檔案列表] |
| armhf | 0.14.0-1+b1 | 2，085。1 kB | 8，861。0 kB | [檔案列表] |
| hppa （非官方移植版） | 0.14.0-1+b1 | 2，149。1 kB | 9，501。0 kB | [檔案列表] |
| i386 | 0.14.0-1+b1 | 2，167。9 kB | 9，413。0 kB | [檔案列表] |
| ia64 （非官方移植版） | 0.14.0-1+b1 | 2，281。9 kB | 10，820。0 kB | [檔案列表] |
| m68k （非官方移植版） | 0.14.0-1+b1 | 2，117。9 kB | 9，409。0 kB | [檔案列表] |
| mips64el | 0.14.0-1+b1 | 2，105。4 kB | 9，592。0 kB | [檔案列表] |
| ppc64 （非官方移植版） | 0.13.3-2 | 2，208。6 kB | 9，987。0 kB | [檔案列表] |
| ppc64el | 0.14.0-1+b1 | 2，149。2 kB | 9，603。0 kB | [檔案列表] |
| riscv64 | 0.14.0-1+b2 | 2，150。1 kB | 9，083。0 kB | [檔案列表] |
| sh4 （非官方移植版） | 0.14.0-1+b1 | 2，257。1 kB | 9，347。0 kB | [檔案列表] |
| sparc64 （非官方移植版） | 0.5.0-1+b1 | 1，799。8 kB | 3，490。0 kB | [檔案列表] |
| x32 （非官方移植版） | 0.14.0-1+b2 | 2，147。7 kB | 9，517。0 kB | [檔案列表] |