Package: nanopolish (0.14.0-1 and others)

[ Source: nanopolish  ]

identificatore di sequenze di consenso per dati di sequenziamento a nanopori

Nanopolish usa un modello di Markov nascosto segnale-livello per l'identificazione di sequenze di consenso di dati di sequenziamento a nanopori di genomi. Può eseguire l'analisi a livello di segnale di dati di sequenziamento Oxford Nanopore. Nanopolish può calcolare una sequenza di consenso migliorata per una bozza di assemblaggio genomico, rilevare modificazioni di basi, identificare SNP e indel in rapporto ad un genoma di riferimento e altro ancora.

Other Packages Related to nanopolish

• dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [ppc64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, ppc64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [alpha, amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, x32]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Package not available

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [sparc64]

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [not sparc64]

• dep: libhdf5-100 [sparc64]

  Package not available

• dep: libhdf5-103-1 [ppc64]

  file runtime C di HDF5 - versione seriale

• dep: libhdf5-103-1t64 [ia64]

  file runtime C di HDF5 - versione seriale

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [not ia64, ppc64, sparc64]

  file runtime C di HDF5 - versione seriale

• dep: libhts2 [sparc64]

  Package not available

• dep: libhts3 (>= 1.10) [ppc64]

  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [not ppc64, sparc64]

  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• dep: libslow5-0 (>= 0.5.1+dfsg) [hppa]

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1) [not hppa, ppc64, sparc64]

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [not ia64, m68k, ppc64, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ppc64]

• dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1) [not ppc64, sparc64]

  fast integer compression in C using the StreamVByte codec

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: perl [not sparc64]

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• dep: python3 [not sparc64]

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [not armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

  libreria di compressione - runtime

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

• rec: python3-biopython

  libreria Python 3 per bioinformatica

• rec: python3-pysam

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• sug: make

  utilità per guidare la compilazione

• sug: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• sug: python [sparc64]

  Package not available

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Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	0.14.0-1+b2	2,138.2 kB	9,862.0 kB	[list of files]
amd64	0.14.0-1+b3	2,149.9 kB	9,639.0 kB	[list of files]
arm64	0.14.0-1+b3	2,079.4 kB	9,475.0 kB	[list of files]
armel	0.14.0-1+b2	2,085.0 kB	9,533.0 kB	[list of files]
armhf	0.14.0-1+b2	2,090.4 kB	9,129.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	0.14.0-1+b2	2,140.7 kB	9,757.0 kB	[list of files]
i386	0.14.0-1+b2	2,171.1 kB	9,713.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	0.14.0-1+b1	2,281.9 kB	10,820.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	0.14.0-1+b2	2,118.0 kB	9,409.0 kB	[list of files]
mips64el	0.14.0-1+b2	2,106.0 kB	9,846.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	0.13.3-2	2,208.6 kB	9,987.0 kB	[list of files]
ppc64el	0.14.0-1+b2	2,150.9 kB	9,859.0 kB	[list of files]
riscv64	0.14.0-1+b3	2,144.4 kB	9,315.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	0.14.0-1+b2	2,260.5 kB	9,603.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	0.5.0-1+b1	1,799.8 kB	3,490.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	0.14.0-1+b3	2,151.4 kB	9,553.0 kB	[list of files]