Paquet : nanopolish (0.14.0-1 et autres)

[ Paquet source : nanopolish  ]

identification de consensus pour les données de séquençage par nanopore

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Autres paquets associés à nanopolish

• dep: libc6 (>= 2.38)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [non armel, armhf]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3)

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1)

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1)

  fast integer compression in C using the StreamVByte codec

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [non armel, armhf]

  Bibliothèque de compression - binaires

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf]

• rec: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• rec: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• sug: make

  utilitaire pour mener la compilation

• sug: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	0.14.0-1+b3	2 149,9 ko	9 639,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.14.0-1+b3	2 079,4 ko	9 475,0 ko	[liste des fichiers]
armel	0.14.0-1+b2	2 085,0 ko	9 533,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.14.0-1+b2	2 090,4 ko	9 129,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.14.0-1+b2	2 171,1 ko	9 713,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.14.0-1+b2	2 106,0 ko	9 846,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.14.0-1+b2	2 150,9 ko	9 859,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	0.14.0-1+b3	2 144,4 ko	9 315,0 ko	[liste des fichiers]