Paketti: samtools (1.21-1)

[ Source: samtools  ]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Tagit: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Client, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, Works with: Biological Sequence

Muut pakettiin samtools liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

• dep: libhts3t64 (>= 1.21)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libncurses6 (>= 6)

  jaetut kirjastot päätteen hallintaan

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  Jaettu matalan abstraktiotason terminfo-kirjasto päätteen käsittelyyn

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [ei armel, armhf, i386]

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, i386]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

Imuroi samtools

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	651.5 kt	1,447.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	622.5 kt	1,679.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	614.7 kt	1,672.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	617.9 kt	1,544.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	683.3 kt	1,572.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	630.8 kt	1,894.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	677.4 kt	1,935.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	657.6 kt	1,299.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	655.9 kt	1,507.0 kt	[tiedostoluettelo]