Пакунок: proteinortho (6.3.1+dfsg-1 and others)

[ Source: proteinortho  ]

Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis

Proteinortho is a stand-alone tool that is geared towards large datasets and makes use of distributed computing techniques when run on multi-core hardware. It implements an extended version of the reciprocal best alignment heuristic. Proteinortho was applied to compute orthologous proteins in the complete set of all 717 eubacterial genomes available at NCBI at the beginning of 2009. Authors succeeded identifying thirty proteins present in 99% of all bacterial proteomes.

Інші пакунки пов'язані з proteinortho

• dep: diamond-aligner [alpha, hppa, m68k, sh4]

  accelerated BLAST compatible local sequence aligner

  dep: diamond-aligner (>= 2.0.10~) [not alpha, hppa, m68k, sh4]

• dep: libc6 (>= 2.32) [m68k, sh4]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, x32]

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [hppa]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [not alpha, hppa, m68k, sh4]

  Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [alpha, hppa, m68k, sh4]

• dep: liblapack3

  Бібліотека підпрограм лінійної алгебри вер. 3 — колективна версія

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa, m68k, sh4]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not alpha, hppa, m68k, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [alpha]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• dep: perl

  Мова Практичного Видобування та Побудування Звітів Лари Уолла (Larry Wall)

• dep: procps

  Утиліти файлової системи /proc

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

Завантажити proteinortho

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	6.0.31+dfsg-1	210.9 kB	832.0 kB	[список файлів]
amd64	6.3.1+dfsg-1	341.5 kB	1,177.0 kB	[список файлів]
arm64	6.3.1+dfsg-1+b1	320.8 kB	1,182.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	6.0.31+dfsg-2	207.9 kB	780.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	6.3.1+dfsg-1	397.3 kB	1,577.0 kB	[список файлів]
loong64 (unofficial port)	6.3.1+dfsg-1	323.4 kB	1,118.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	6.0.31+dfsg-2	207.1 kB	771.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	6.3.1+dfsg-1	337.2 kB	1,245.0 kB	[список файлів]
ppc64el	6.3.1+dfsg-1	334.7 kB	1,245.0 kB	[список файлів]
riscv64	6.3.1+dfsg-1	341.6 kB	1,033.0 kB	[список файлів]
s390x	6.3.1+dfsg-1	310.6 kB	1,125.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	6.0.31+dfsg-2	221.7 kB	764.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	6.3.1+dfsg-1	310.6 kB	3,748.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	6.3.1+dfsg-1	346.8 kB	1,162.0 kB	[список файлів]