Package: proteinortho (6.3.1+dfsg-1 and others)

[ Source: proteinortho  ]

Registrering af (Co-)ortologer i storskala proteinanalyse

Proteinortho er et uafhængigt værktøj, der er rettet mod store datasæt og gør brug af distribuerede beregningsteknikker, når afviklet på udstyr med flere kerner. Programmet implementerer en udvidet version af den reciprokke bedste sammenligningsheuristik. Proteinortho blev brugt til at beregne orthologous-proteiner i det fulde sæt med alle 717 eubakterielle genomer tilgængelige hos NCBI i begyndelsen af 2009. Forfattere lykkedes med at identificere 30 proteiner til stede i 99 % af alle bakterieproteomer.

Other Packages Related to proteinortho

• dep: diamond-aligner [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  Accelereret BLAST-kompatibel lokal sekvenssammenligner

  dep: diamond-aligner (>= 2.0.10~) [not alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

• dep: libblas3 [sparc64]

  Grundlæggende reference-implementeringer til lineær algebra, delt bibliotek

  or libblas.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.32) [m68k, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [hppa, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Package not available

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [not alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

• dep: liblapack3

  Bibliotek for lineære algebrarutiner 3 - delt version

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa, m68k, sh4]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [alpha, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: ncbi-blast+

  Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer

• dep: perl [not sparc64]

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: procps [not sparc64]

  /proc-filsystemværktøjer

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

Download proteinortho

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	6.0.31+dfsg-1	210.9 kB	832.0 kB	[list of files]
amd64	6.3.1+dfsg-1	341.5 kB	1,177.0 kB	[list of files]
arm64	6.3.1+dfsg-1+b1	320.8 kB	1,182.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	6.0.31+dfsg-2	207.9 kB	780.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	6.3.1+dfsg-1	397.3 kB	1,577.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	6.0.31+dfsg-2	207.1 kB	771.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	6.3.1+dfsg-1	337.2 kB	1,245.0 kB	[list of files]
ppc64el	6.3.1+dfsg-1	334.7 kB	1,245.0 kB	[list of files]
riscv64	6.3.1+dfsg-1	341.6 kB	1,033.0 kB	[list of files]
s390x	6.3.1+dfsg-1	310.6 kB	1,125.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	6.0.31+dfsg-2	221.7 kB	764.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	6.0.8+dfsg-1	187.0 kB	834.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	6.3.1+dfsg-1	346.8 kB	1,162.0 kB	[list of files]