Paketti: proteinortho (6.3.1+dfsg-1 ja muut)

[ Source: proteinortho  ]

Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis

Proteinortho is a stand-alone tool that is geared towards large datasets and makes use of distributed computing techniques when run on multi-core hardware. It implements an extended version of the reciprocal best alignment heuristic. Proteinortho was applied to compute orthologous proteins in the complete set of all 717 eubacterial genomes available at NCBI at the beginning of 2009. Authors succeeded identifying thirty proteins present in 99% of all bacterial proteomes.

Muut pakettiin proteinortho liittyvät paketit

• dep: diamond-aligner [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  accelerated BLAST compatible local sequence aligner

  dep: diamond-aligner (>= 2.0.10~) [ei alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

• dep: libblas3 [sparc64]

  Basic Linear Algebra Reference implementations, shared library

  tai libblas.so.3

  näennäispaketti, jonka toteuttaa libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.32) [m68k, sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [hppa, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Paketti ei saatavilla

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [ei alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  GCC OpenMP (GOMP) support library

  dep: libgomp1 (>= 6) [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

• dep: liblapack3

  Library of linear algebra routines 3 - shared version

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa, m68k, sh4]

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ei alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [alpha, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• dep: perl [ei sparc64]

  Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

• dep: procps [ei sparc64]

  /proc-tiedostojärjestelmän työkalut

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

Imuroi proteinortho

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	6.0.31+dfsg-1	210.9 kt	832.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	6.3.1+dfsg-1	341.5 kt	1,177.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	6.3.1+dfsg-1+b1	320.8 kt	1,182.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	6.0.31+dfsg-2	207.9 kt	780.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	6.3.1+dfsg-1	397.3 kt	1,577.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	6.0.31+dfsg-2	207.1 kt	771.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	6.3.1+dfsg-1	337.2 kt	1,245.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	6.3.1+dfsg-1	334.7 kt	1,245.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	6.3.1+dfsg-1	341.6 kt	1,033.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	6.3.1+dfsg-1	310.6 kt	1,125.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	6.0.31+dfsg-2	221.7 kt	764.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	6.0.8+dfsg-1	187.0 kt	834.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	6.3.1+dfsg-1	346.8 kt	1,162.0 kt	[tiedostoluettelo]