Paquet : proteinortho (6.3.1+dfsg-1 et autres)

[ Paquet source : proteinortho  ]

Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis

Proteinortho is a stand-alone tool that is geared towards large datasets and makes use of distributed computing techniques when run on multi-core hardware. It implements an extended version of the reciprocal best alignment heuristic. Proteinortho was applied to compute orthologous proteins in the complete set of all 717 eubacterial genomes available at NCBI at the beginning of 2009. Authors succeeded identifying thirty proteins present in 99% of all bacterial proteomes.

Autres paquets associés à proteinortho

• dep: diamond-aligner [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  aligneur de séquence locale accéléré compatible avec BLAST

  dep: diamond-aligner (>= 2.0.10~) [non alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

• dep: libblas3 [sparc64]

  implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée

  ou libblas.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.32) [m68k, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [hppa, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Paquet indisponible

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [non alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

• dep: liblapack3

  bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa, m68k, sh4]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [alpha, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• dep: perl [non sparc64]

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: procps [non sparc64]

  Utilitaires pour le système de fichiers /proc.

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

Télécharger proteinortho

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	6.0.31+dfsg-1	210,9 ko	832,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	6.3.1+dfsg-1	341,5 ko	1 177,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	6.3.1+dfsg-1+b1	320,8 ko	1 182,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	6.0.31+dfsg-2	207,9 ko	780,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	6.3.1+dfsg-1	397,3 ko	1 577,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	6.0.31+dfsg-2	207,1 ko	771,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	6.3.1+dfsg-1	337,2 ko	1 245,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	6.3.1+dfsg-1	334,7 ko	1 245,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	6.3.1+dfsg-1	341,6 ko	1 033,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	6.3.1+dfsg-1	310,6 ko	1 125,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	6.0.31+dfsg-2	221,7 ko	764,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	6.0.8+dfsg-1	187,0 ko	834,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	6.3.1+dfsg-1	346,8 ko	1 162,0 ko	[liste des fichiers]