Package: proteinortho (6.3.1+dfsg-1 and others)

[ Source: proteinortho  ]

rilevazione di (co-)ortologhi in analisi su vasta scala di proteine

Proteinortho è uno strumento autonomo che è diretto verso grandi insiemi di dati e fa uso di tecniche di calcolo distribuito quando gira su hardware multi-core. Implementa una versione estesa dell'euristica per il miglior allineamento reciproco. Proteinortho è stato applicato per calcolare le proteine ortologhe nell'insieme completo di tutti i 717 genomi eubatterici disponibili su NCBI all'inizio del 2009. Gli autori sono riusciti ad identificare trenta proteine presenti nel 99% di tutti i proteomi batterici.

Other Packages Related to proteinortho

• dep: diamond-aligner [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  allineatore di sequenze locali accelerato compatibile con BLAST

  dep: diamond-aligner (>= 2.0.10~) [not alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

• dep: libblas3 [sparc64]

  implementazione di riferimento dell'algebra lineare di base, libreria condivisa

  or libblas.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.32) [m68k, sh4]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [hppa, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Package not available

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [not alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

• dep: liblapack3

  libreria di routine per l'algebra lineare 3 - versione condivisa

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa, m68k, sh4]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [alpha, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: ncbi-blast+

  suite di prossima generazione degli strumenti di ricerca di sequenze BLAST

• dep: perl [not sparc64]

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• dep: procps [not sparc64]

  utilità per il filesystem /proc

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

Download proteinortho

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	6.0.31+dfsg-1	210.9 kB	832.0 kB	[list of files]
amd64	6.3.1+dfsg-1	341.5 kB	1,177.0 kB	[list of files]
arm64	6.3.1+dfsg-1+b1	320.8 kB	1,182.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	6.0.31+dfsg-2	207.9 kB	780.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	6.3.1+dfsg-1	397.3 kB	1,577.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	6.0.31+dfsg-2	207.1 kB	771.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	6.3.1+dfsg-1	337.2 kB	1,245.0 kB	[list of files]
ppc64el	6.3.1+dfsg-1	334.7 kB	1,245.0 kB	[list of files]
riscv64	6.3.1+dfsg-1	341.6 kB	1,033.0 kB	[list of files]
s390x	6.3.1+dfsg-1	310.6 kB	1,125.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	6.0.31+dfsg-2	221.7 kB	764.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	6.0.8+dfsg-1	187.0 kB	834.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	6.3.1+dfsg-1	346.8 kB	1,162.0 kB	[list of files]