Pacote: proteinortho (6.3.1+dfsg-1 e outros)

[ Fonte: proteinortho  ]

Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis

Proteinortho is a stand-alone tool that is geared towards large datasets and makes use of distributed computing techniques when run on multi-core hardware. It implements an extended version of the reciprocal best alignment heuristic. Proteinortho was applied to compute orthologous proteins in the complete set of all 717 eubacterial genomes available at NCBI at the beginning of 2009. Authors succeeded identifying thirty proteins present in 99% of all bacterial proteomes.

Outros pacotes relacionados a proteinortho

• dep: diamond-aligner [alpha, hppa, m68k, sh4]

  accelerated BLAST compatible local sequence aligner

  dep: diamond-aligner (>= 2.0.10~) [não alpha, hppa, m68k, sh4]

• dep: libc6 (>= 2.32) [m68k, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, x32]

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [hppa]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [não alpha, hppa, m68k, sh4]

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [alpha, hppa, m68k, sh4]

• dep: liblapack3

  Biblioteca de rotinas de álgebra linear 3 - versão compartilhada

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa, m68k, sh4]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [não alpha, hppa, m68k, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [alpha]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• dep: perl

  Linguagem de extração e relatórios prática de Larry Wall

• dep: procps

  utilitários para o sistema de arquivos /proc

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

Download de proteinortho

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	6.0.31+dfsg-1	210.9 kB	832.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	6.3.1+dfsg-1	341.5 kB	1,177.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	6.3.1+dfsg-1+b1	320.8 kB	1,182.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	6.0.31+dfsg-2	207.9 kB	780.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	6.3.1+dfsg-1	397.3 kB	1,577.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	6.3.1+dfsg-1	323.4 kB	1,118.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	6.0.31+dfsg-2	207.1 kB	771.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	6.3.1+dfsg-1	337.2 kB	1,245.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	6.3.1+dfsg-1	334.7 kB	1,245.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	6.3.1+dfsg-1	341.6 kB	1,033.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	6.3.1+dfsg-1	310.6 kB	1,125.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	6.0.31+dfsg-2	221.7 kB	764.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	6.3.1+dfsg-1	310.6 kB	3,748.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	6.3.1+dfsg-1	346.8 kB	1,162.0 kB	[lista de arquivos]