パッケージ: proteinortho (6.3.1+dfsg-1 など)

[ ソース: proteinortho  ]

Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis

Proteinortho is a stand-alone tool that is geared towards large datasets and makes use of distributed computing techniques when run on multi-core hardware. It implements an extended version of the reciprocal best alignment heuristic. Proteinortho was applied to compute orthologous proteins in the complete set of all 717 eubacterial genomes available at NCBI at the beginning of 2009. Authors succeeded identifying thirty proteins present in 99% of all bacterial proteomes.

その他の proteinortho 関連パッケージ

• dep: diamond-aligner [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  accelerated BLAST compatible local sequence aligner

  dep: diamond-aligner (>= 2.0.10~) [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64 以外]

• dep: libblas3 [sparc64]

  基本線形代数のリファレンス実装 - 共有ライブラリ

  または libblas.so.3

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.32) [m68k, sh4]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [hppa, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  パッケージは利用できません

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64 以外]

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

  dep: libgomp1 (>= 6) [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

• dep: liblapack3

  線形代数ルーチンライブラリ 3 - 共有ライブラリ版

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa, m68k, sh4]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64 以外]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [alpha, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• dep: perl [sparc64 以外]

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• dep: procps [sparc64 以外]

  /proc ファイルシステムユーティリティ

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

proteinortho のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	6.0.31+dfsg-1	210.9 kB	832.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	6.3.1+dfsg-1	341.5 kB	1,177.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	6.3.1+dfsg-1+b1	320.8 kB	1,182.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	6.0.31+dfsg-2	207.9 kB	780.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	6.3.1+dfsg-1	397.3 kB	1,577.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	6.0.31+dfsg-2	207.1 kB	771.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	6.3.1+dfsg-1	337.2 kB	1,245.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	6.3.1+dfsg-1	334.7 kB	1,245.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	6.3.1+dfsg-1	341.6 kB	1,033.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	6.3.1+dfsg-1	310.6 kB	1,125.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	6.0.31+dfsg-2	221.7 kB	764.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	6.0.8+dfsg-1	187.0 kB	834.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	6.3.1+dfsg-1	346.8 kB	1,162.0 kB	[ファイル一覧]