Пакунок: prime-phylo (1.0.11-13 and others)

[ Source: prime-phylo  ]

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

Інші пакунки пов'язані з prime-phylo

• dep: libblas3

  Реалізації основних підпрограм лінійної алгебри (колективна бібліотека)

  or libblas.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-mpi1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

  C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)

• dep: libboost-mpi1.83.0 (>= 1.83.0) [not x32]

  C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

  serialization library for C++

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0) [not x32]

  serialization library for C++

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa, m68k]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: liblapack3

  Бібліотека підпрограм лінійної алгебри вер. 3 — колективна версія

  or liblapack.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [not amd64]

  high performance message passing library -- shared library

  dep: libopenmpi3t64 (>= 5.0.5) [amd64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ia64, m68k, sh4]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [not alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 14.2.0-1) [alpha]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  XML бібліотека GNOME

• dep: perl

  Мова Практичного Видобування та Побудування Звітів Лари Уолла (Larry Wall)

• sug: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• sug: mrbayes

  Bayesian Inference of Phylogeny

• sug: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• sug: njplot

  phylogenetic tree drawing program

• sug: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• sug: probalign

  multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities

• sug: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• sug: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees

• sug: treeviewx

  Displays and prints phylogenetic trees

Завантажити prime-phylo

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	1.0.11-12	753.9 kB	3,662.0 kB	[список файлів]
amd64	1.0.11-13	824.2 kB	3,159.0 kB	[список файлів]
arm64	1.0.11-12	738.1 kB	3,382.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	1.0.11-11	818.0 kB	3,309.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	1.0.11-11	892.6 kB	5,266.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	1.0.11-11	789.0 kB	2,992.0 kB	[список файлів]
mips64el	1.0.11-12	694.7 kB	3,788.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	1.0.11-12	815.3 kB	4,151.0 kB	[список файлів]
ppc64el	1.0.11-12	821.5 kB	3,830.0 kB	[список файлів]
riscv64	1.0.11-12	804.3 kB	2,590.0 kB	[список файлів]
s390x	1.0.11-12	799.9 kB	3,226.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	1.0.11-11	908.2 kB	3,255.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	1.0.11-12	676.0 kB	13,519.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	1.0.11-12	842.2 kB	2,935.0 kB	[список файлів]