パッケージ: prime-phylo (1.0.11-13 など)

prime-phylo に関するリンク

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メンテナ:

外部の資源:

ホームページ [prime.sbc.su.se]

類似のパッケージ:

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

その他の prime-phylo 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libblas3

基本線形代数のリファレンス実装 - 共有ライブラリ

または libblas.so.3

以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libboost-mpi1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)
dep: libboost-mpi1.83.0 (>= 1.83.0) [x32 以外]

C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)
dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

serialization library for C++
dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0) [x32 以外]

serialization library for C++
dep: libc6 (>= 2.34) [hppa, m68k]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.38) [alpha, hppa, ia64, m68k, sh4 以外]
dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

GCC 共有ライブラリ

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC 共有ライブラリ
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC 共有ライブラリ
dep: liblapack3

線形代数ルーチンライブラリ 3 - 共有ライブラリ版

または liblapack.so.3

以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

high performance message passing library -- shared library
dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [hppa, ia64, m68k, sh4, x32 以外]

high performance message passing library -- shared library
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ia64, m68k, sh4]

GNU 標準 C++ ライブラリ v3

dep: libstdc++6 (>= 14) [alpha, hppa, ia64, m68k, sh4 以外]

dep: libstdc++6 (>= 14.2.0-8) [alpha]
dep: libunwind8 [ia64]

プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
dep: libxml2 (>= 2.7.4)

GNOME XML ライブラリ
dep: perl

Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

sug: mafft

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
sug: mrbayes

Bayesian Inference of Phylogeny
sug: muscle

Multiple alignment program of protein sequences
sug: njplot

phylogenetic tree drawing program
sug: phyml

Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood
sug: probalign

multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities
sug: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics
sug: raxml

Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees
sug: treeviewx

Displays and prints phylogenetic trees

prime-phylo のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	1.0.11-13+b1	742.4 kB	3,598.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	1.0.11-13+b1	825.4 kB	3,160.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.0.11-13+b1	727.5 kB	3,319.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	1.0.11-11	818.0 kB	3,309.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	1.0.11-11	892.6 kB	5,266.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	1.0.11-11	789.0 kB	2,992.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1.0.11-13+b1	712.7 kB	3,703.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	1.0.11-13+b1	802.8 kB	4,088.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.0.11-13+b1	808.5 kB	3,767.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	1.0.11-13+b1	794.1 kB	2,527.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1.0.11-13+b1	789.2 kB	3,159.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	1.0.11-11	908.2 kB	3,255.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	1.0.11-13+b1	650.8 kB	13,513.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	1.0.11-12	842.2 kB	2,935.0 kB	[ファイル一覧]