Package: prime-phylo (1.0.11-13 and others)

[ Source: prime-phylo  ]

stima bayesiana di alberi genetici che tiene in considerazione l'albero delle specie

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) è un pacchetto che permette l'inferenza di parametri evoluzionistici in un'infrastruttura bayesiana usando simulazioni con catene di Markov Monte Carlo. Una caratteristica distintiva di PrIME è che l'albero delle specie viene tenuto in considerazione quando vengono analizzati gli alberi genetici.

I dati di input di PrIME è un allineamento di sequenze multiple in formato FASTA e i dati di output contengono alberi in formato Newick.

Other Packages Related to prime-phylo

• dep: libblas3

  implementazione di riferimento dell'algebra lineare di base, libreria condivisa

  or libblas.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-mpi1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

  interfaccia C++ per MPI (Message Passing Interface)

• dep: libboost-mpi1.83.0 (>= 1.83.0) [not x32]

  interfaccia C++ per MPI (Message Passing Interface)

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

  libreria di serializzazione per C++

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0) [not x32]

  libreria di serializzazione per C++

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa, m68k]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, hppa, ia64, loong64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 14.2.0-9+b1) [loong64]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  libreria di supporto a GCC

• dep: liblapack3

  libreria di routine per l'algebra lineare 3 - versione condivisa

  or liblapack.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  libreria per il passaggio di messaggi dalle alte prestazioni - libreria condivisa

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [not hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  libreria per il passaggio di messaggi dalle alte prestazioni - libreria condivisa

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ia64, m68k, sh4]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [not alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 14.2.0-8) [alpha]

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  libreria XML di GNOME

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• sug: mafft

  programma per allineamenti multipli per sequenze aminoacidiche o nucleotidiche

• sug: mrbayes

  inferenza bayesiana per filogenetica

• sug: muscle

  programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche

• sug: njplot

  programma per disegnare alberi filogenetici

• sug: phyml

  stime filogenetiche usando il metodo della massima verosimiglianza

• sug: probalign

  allineamento di sequenze multiple usando le probabilità a posteriori della funzione di ripartizione

• sug: python3-biopython

  libreria Python 3 per bioinformatica

• sug: raxml

  RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) di alberi filogenetici

• sug: treeviewx

  visualizza e stampa alberi filogenetici

Download prime-phylo

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.0.11-13+b1	742.4 kB	3,598.0 kB	[list of files]
amd64	1.0.11-13+b1	825.4 kB	3,160.0 kB	[list of files]
arm64	1.0.11-13+b1	727.5 kB	3,319.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.0.11-11	818.0 kB	3,309.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.0.11-11	892.6 kB	5,266.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	1.0.11-13+b1	762.4 kB	3,029.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.0.11-11	789.0 kB	2,992.0 kB	[list of files]
mips64el	1.0.11-13+b1	712.7 kB	3,703.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.0.11-13+b1	802.8 kB	4,088.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.0.11-13+b1	808.5 kB	3,767.0 kB	[list of files]
riscv64	1.0.11-13+b1	794.1 kB	2,527.0 kB	[list of files]
s390x	1.0.11-13+b1	789.2 kB	3,159.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.0.11-11	908.2 kB	3,255.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.0.11-13+b1	650.8 kB	13,513.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.0.11-12	842.2 kB	2,935.0 kB	[list of files]