Пакунок: prime-phylo (1.0.11-7 and others)

[ Source: prime-phylo  ]

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

Інші пакунки пов'язані з prime-phylo

• dep: libblas3

  Реалізації основних підпрограм лінійної алгебри (колективна бібліотека)

  or libblas.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, libblas3, libblis2-openmp, libblis2-pthread, libblis2-serial, libopenblas-base

• dep: libboost-mpi1.67.0

  C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)

• dep: libboost-serialization1.67.0

  serialization library for C++

• dep: libc6 (>= 2.23)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, i386]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.5) [arm64]

• dep: liblapack3

  Бібліотека підпрограм лінійної алгебри вер. 3 — колективна версія

  or liblapack.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, liblapack3, libopenblas-base

• dep: libopenmpi3

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  XML бібліотека GNOME

• dep: perl

  Мова Практичного Видобування та Побудування Звітів Лари Уолла (Larry Wall)

• sug: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• sug: mrbayes

  Bayesian Inference of Phylogeny

• sug: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• sug: njplot

  phylogenetic tree drawing program

• sug: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• sug: probalign

  multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities

• sug: python-biopython

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)

• sug: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees

• sug: treeviewx

  Displays and prints phylogenetic trees

Завантажити prime-phylo

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	1.0.11-7+b1	829.7 kB	3,460.0 kB	[список файлів]
arm64	1.0.11-7+b1	744.5 kB	3,279.0 kB	[список файлів]
armhf	1.0.11-7+b1	664.1 kB	1,929.0 kB	[список файлів]
i386	1.0.11-7+b1	896.0 kB	3,413.0 kB	[список файлів]