Pakiet: prime-phylo (1.0.11-13 i inne)

[ Pakiet źródłowy: prime-phylo  ]

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

Inne pakiety związane z prime-phylo

• dep: libblas3

  Implementacje Basic Linear Algebra Reference, biblioteka współdzielona

  lub libblas.so.3

  pakiet wirtualny udostępniany przez libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-mpi1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

  C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)

• dep: libboost-mpi1.83.0 (>= 1.83.0) [nie x32]

  C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

  serialization library for C++

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0) [nie x32]

  serialization library for C++

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa, m68k]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, hppa, ia64, loong64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 14.2.0-9+b1) [loong64]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: liblapack3

  Library of linear algebra routines 3 - shared version

  lub liblapack.so.3

  pakiet wirtualny udostępniany przez libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [nie hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ia64, m68k, sh4]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nie alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 14.2.0-8) [alpha]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  Biblioteka GNOME XML

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• sug: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• sug: mrbayes

  Bayesian Inference of Phylogeny

• sug: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• sug: njplot

  Program do rysowania drzew filogenetycznych

• sug: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• sug: probalign

  multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities

• sug: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• sug: raxml

  Randomizowane maksymalne prawdopodobieństwo drzew filogenetycznych

• sug: treeviewx

  Wyświetla i drukuje drzewa filogenetyczne

Pobieranie prime-phylo

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.0.11-13+b1	742,4 KiB	3 598,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.0.11-13+b1	825,4 KiB	3 160,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.0.11-13+b1	727,5 KiB	3 319,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.0.11-11	818,0 KiB	3 309,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.0.11-11	892,6 KiB	5 266,0 KiB	[lista plików]
loong64 (port nieoficjalny)	1.0.11-13+b1	762,4 KiB	3 029,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.0.11-11	789,0 KiB	2 992,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.0.11-13+b1	712,7 KiB	3 703,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.0.11-13+b1	802,8 KiB	4 088,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.0.11-13+b1	808,5 KiB	3 767,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.0.11-13+b1	794,1 KiB	2 527,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.0.11-13+b1	789,2 KiB	3 159,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.0.11-11	908,2 KiB	3 255,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.0.11-13+b1	650,8 KiB	13 513,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.0.11-12	842,2 KiB	2 935,0 KiB	[lista plików]