Paquet : prime-phylo (1.0.11-13 et autres)

[ Paquet source : prime-phylo  ]

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

Autres paquets associés à prime-phylo

• dep: libblas3

  implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée

  ou libblas.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-mpi1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

  interface C++ à l’interface de passage de message (Message Passing Interface –⋅MPI)

• dep: libboost-mpi1.83.0 (>= 1.83.0) [non x32]

  interface C++ à l’interface de passage de message (Message Passing Interface –⋅MPI)

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

  bibliothèque de sérialisation pour C++

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0) [non x32]

  bibliothèque de sérialisation pour C++

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa, m68k]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: liblapack3

  bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée

  ou liblapack.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [non hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ia64, m68k, sh4]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [non alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 14.2.0-8) [alpha]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  Bibliothèque XML GNOME

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• sug: mafft

  programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

• sug: mrbayes

  Bayesian Inference of Phylogeny

• sug: muscle

  programme d'alignements multiples de séquences de protéine

• sug: njplot

  programme de dessin d’arbre phylogénétique

• sug: phyml

  estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale

• sug: probalign

  alignement de séquences multiples en utilisant les probabilités à postériori de la fonction de partition

• sug: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• sug: raxml

  ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques

• sug: treeviewx

  affiche et imprime les arbres phylogénétiques

Télécharger prime-phylo

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.0.11-13+b1	742,4 ko	3 598,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.0.11-13+b1	825,4 ko	3 160,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.0.11-13+b1	727,5 ko	3 319,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.0.11-11	818,0 ko	3 309,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.0.11-11	892,6 ko	5 266,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.0.11-11	789,0 ko	2 992,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.0.11-13+b1	712,7 ko	3 703,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.0.11-13+b1	802,8 ko	4 088,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.0.11-13+b1	808,5 ko	3 767,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.0.11-13+b1	794,1 ko	2 527,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.0.11-13+b1	789,2 ko	3 159,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.0.11-11	908,2 ko	3 255,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.0.11-13+b1	650,8 ko	13 513,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.0.11-12	842,2 ko	2 935,0 ko	[liste des fichiers]