Balík: prime-phylo (1.0.11-13 a iné)

[ Zdroj: prime-phylo  ]

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom prime-phylo

• dep: libblas3

  referenčné implementácie základnej lineárnej algebry - zdieľaná knižnica

  alebo libblas.so.3

  virtuálny balík poskytovaný balíkom libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-mpi1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

  rozhranie jazyka C++ ku MPI (Message Passing Interface)

• dep: libboost-mpi1.83.0 (>= 1.83.0) [nie x32]

  rozhranie jazyka C++ ku MPI (Message Passing Interface)

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

  knižnica na serializáciu pre C++

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0) [nie x32]

  knižnica na serializáciu pre C++

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa, m68k]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: liblapack3

  knižnica rutín lineárnej algebry, verzia 3 - zdieľaná knižnica

  alebo liblapack.so.3

  virtuálny balík poskytovaný balíkom libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  knižnica na vyskokovýkonné odovzdávanie správ - zdieľaná knižnica

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [nie hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  knižnica na vyskokovýkonné odovzdávanie správ - zdieľaná knižnica

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ia64, m68k, sh4]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nie alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 14.2.0-8) [alpha]

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  knižnica GNOME XML

• dep: perl

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

• sug: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• sug: mrbayes

  Bayesian Inference of Phylogeny

• sug: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• sug: njplot

  program na kreslenie fylogenetických stromov

• sug: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• sug: probalign

  multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities

• sug: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• sug: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees

• sug: treeviewx

  Displays and prints phylogenetic trees

Stiahnuť prime-phylo

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	1.0.11-13+b1	742.4 kB	3,598.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	1.0.11-13+b1	825.4 kB	3,160.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	1.0.11-13+b1	727.5 kB	3,319.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	1.0.11-11	818.0 kB	3,309.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	1.0.11-11	892.6 kB	5,266.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	1.0.11-11	789.0 kB	2,992.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	1.0.11-13+b1	712.7 kB	3,703.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	1.0.11-13+b1	802.8 kB	4,088.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	1.0.11-13+b1	808.5 kB	3,767.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	1.0.11-13+b1	794.1 kB	2,527.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	1.0.11-13+b1	789.2 kB	3,159.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	1.0.11-11	908.2 kB	3,255.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	1.0.11-13+b1	650.8 kB	13,513.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	1.0.11-12	842.2 kB	2,935.0 kB	[zoznam súborov]